#!/bin/bash
#
 
 
cell=(2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78 \
	2 3 4 6 8 11 14 15 16 17 20 21 23 24 25 27 28 29 34 36 37 38 40 41 42 \
	43 44 45 46 47 48 49 50 53 54 55 56 57 59 60 62 66 67 68 72 74 75 76 77 78)

Npatterns=18
freq=(185)

stim=(1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 \
	2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 \
	3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 \
	4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 \
	5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 \
	6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 \
	1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 \
	2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 \
	3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 \
	4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 \
	5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 \
	6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 \
	7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 \
	7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7)
	
depth_ax=(9e9)
depth_soma=(9e9) 
	
gARN=(0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 \
	0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 0.0003 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05)


gBRN=(0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 \
	0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05 1e-05)


gATin=(0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 \
	0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 0.075 \
	0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001) 

gBTin=(0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 \
	0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 0.005 \
	0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 0.0001)

tauK=(25)
gKfactor=(1)
tauKfactor=(0.1)

minc=(0.2)
tau_m=(400)
gKL=(0.00016)

vsh_incr=(0.5)
tau_vsh=(400)

weight=(0.0035)
K5=(0.1)
K6=(0.0003)

tau1=(500)
tau2=(510)

i=1
echo 'i='$i;
 
while [  $i -lt 351 ]; # 350 sets of parameters

	do
#    echo "$i";
    echo 'i='$i; 
    mkdir sima"$i"
    cp -r master/apc_names.dat sima"$i"/
    cp -r master/DBSstim.hoc sima"$i"/
    cp -r master/special* sima"$i"/
    cp -r master/quit.hoc sima"$i"/
    
    
    echo ${stim[i-1]} 14000 0.01 ${gARN[i-1]} ${gBRN[i-1]} ${gATin[i-1]} ${gBTin[i-1]} ${cell[i-1]} > sima"$i"/nk
    echo ${depth_soma[0]} ${depth_ax[0]} > sima"$i"/depth.txt
    echo ${tauK[0]} ${tauKfactor[0]} > sima"$i"/Tauk.txt
    echo ${gKfactor[0]} > sima"$i"/gkfactor.txt
    echo Stim_"${stim[i-1]}".dat > sima"$i"/stim_files.dat
    echo ${K5[0]} ${K6[0]} > sima"$i"/K56.txt
    echo ${gKL[0]} ${minc[0]} ${tau_m[0]} > sima"$i"/Lkparams.txt
    echo ${vsh_incr[0]} ${tau_vsh[0]} > sima"$i"/vsh.txt
    echo ${weight[0]} ${tau1[0]} ${tau2[0]} > sima"$i"/weight.txt
            
    let "i+=1";
done