<InitialConditions>
<ConcentrationSet>
<!-- these apply to everything unless overridden -->
<!-- many of these are membrane molecules and should be zero except in spines and submembrane -->
<!-- calcium interacting proteins -->
<NanoMolarity specieID="Ca" value="75"/>
<NanoMolarity specieID="CaOut" value="1996038"/>
<NanoMolarity specieID="CaOutLeak" value="0"/>
<!-- total calbindin = 160 uM -->
<NanoMolarity specieID="Calbin" value="159982"/>
<NanoMolarity specieID="CalbinC" value="18"/>
<!-- membrane molecules -->
<NanoMolarity specieID="Leak" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="pmca" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="pmcaCa" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="ncx" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="ncxCa" value="0"/>
<!-- cytosolic molecules -->
<!-- total calmodulin = 9000 nM -->
<NanoMolarity specieID="Cam" value="3475"/>
<NanoMolarity specieID="CamCa2C" value="145"/>
<NanoMolarity specieID="CamCa2N" value="15"/>
<NanoMolarity specieID="CamCa4" value="0"/>
<!-- Dopamine, ACh, Glu and their buffers: cytosolic molecules -->
<NanoMolarity specieID="Da" value="10" />
<NanoMolarity specieID="Dbuf" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DaDbuf" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DaOut" value="200000" />
<NanoMolarity specieID="ACh" value="105" />
<NanoMolarity specieID="Glu" value="10" />
<NanoMolarity specieID="GluOut" value="200000" />
<NanoMolarity specieID="Gbuf" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GluGbuf" value="0" />
<!-- D1 associated membrane molecules -->
<NanoMolarity specieID="D1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DaD1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gsabg" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DaD1RGs" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GsD1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GsaGTP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GsaGDP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gbg" value="0" />
<!-- mGluR & Gq associated membrane molecules -->
<NanoMolarity specieID="MgluR" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GluMgluR" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GluMgluRdesens" value="0" />
<NanoMolarity specieID="m1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AChm1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="m1RGq" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AChm1RGq" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gqabg" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GluMgluRGq" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GqaGTP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GqaGDP" value="0" />
<!--cyclases -->
<NanoMolarity specieID="AC5" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5Gsa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaATP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5Gia" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaGia" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaGiaATP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5Ca" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaCa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaCaATP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PDE4" value="286" />
<NanoMolarity specieID="PDE4cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE4cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE4" value="10" />
<NanoMolarity specieID="pPDE4PP2A" value="40" />
<NanoMolarity specieID="pPDE4cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PDE2" value="1350" />
<NanoMolarity specieID="PDE2cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PDE2cAMP2" value="0" />
<!-- cytosolic molecules -->
<!--NanoMolarity specieID="ATP" value="1998940" /-->
<NanoMolarity specieID="cAMP" value="50" />
<NanoMolarity specieID="AMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Epac1cAMP" value="25.0"/>
<NanoMolarity specieID="Epac1" value="975.0"/>
<NanoMolarity specieID="PDE1" value="1700" />
<NanoMolarity specieID="PDE1CamCa4" value="300" />
<NanoMolarity specieID="PDE1CamCa4cAMP" value="0" />
<!-- membrane molecules -->
<NanoMolarity specieID="PlcCa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PlcCaPip2" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PlcGqa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PlcCaGqa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PlcCaGqaPip2" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Dag" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DagKdag" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PA" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DagCaDgl" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CaDgl" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Dgl" value="0" />
<!-- The next four are cytosolic and should be initialized non-zero -->
<NanoMolarity specieID="Ip3" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Ip3degrad" value="0" />
<NanoMolarity specieID="2agDegrad" value="0" />
<NanoMolarity specieID="2ag" value="0" />
<!-- where did PKC quantity of 15 uM (from BoHung Paper) come from ???-->
<NanoMolarity specieID="Pkc" value="9750" />
<NanoMolarity specieID="PkcCa" value="250" />
<NanoMolarity specieID="PkcCaDag" value="0" />
<!-- cytosolic molecules -->
<!-- total PP2B = 5000 nM, PP2ABPR72=1400, PP2AB56d=1400-->
<NanoMolarity specieID="PP2B" value="15" />
<NanoMolarity specieID="PP2BCam" value="3350" />
<NanoMolarity specieID="PP2BCamCa2C" value="1410" />
<NanoMolarity specieID="PP2BCamCa2N" value="210" />
<NanoMolarity specieID="PP2BCamCa4" value="15" />
<NanoMolarity specieID="PP1" value="3345" />
<NanoMolarity specieID="PP2AB56d" value="1080" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPP2AB56d" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPP2A" value="40" />
<NanoMolarity specieID="PP2ABPR72" value="1100" />
<NanoMolarity specieID="PP2Acal" value="20" />
<NanoMolarity specieID="CK" value="11930" />
<NanoMolarity specieID="CKCamCa4" value="70" />
<NanoMolarity specieID="CKpCamCa4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CKp" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CKpPP1" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CKpCamCa4PP1" value="0" />
<!-- total DARPP32 = 50 uM, 12 uM D32p75 and 1% D32p32 at basal -->
<NanoMolarity specieID="D32" value="37560" />
<NanoMolarity specieID="D32PKAc" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP1" value="580" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP2BCamCa4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP1PP2BCamCa4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP2ABPR72" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP2AB56d" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP1PP2ABPR72" value="10" />
<NanoMolarity specieID="D32p34PP1PP2AB56d" value="10" />
<NanoMolarity specieID="Cdk5" value="370" />
<NanoMolarity specieID="Cdk5D32" value="1215" />
<NanoMolarity specieID="D32p75" value="10085" />
<NanoMolarity specieID="D32p75PKAc" value="0" />
<NanoMolarity specieID="D32p75PP2ABPR72" value="260" />
<NanoMolarity specieID="D32p75PP2AB56d" value="230" />
<NanoMolarity specieID="D32p75PP2Acal" value="10" />
<NanoMolarity specieID="D32p75pPP2A" value="40" />
<NanoMolarity specieID="OA" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CyA" value="0" />
<NanoMolarity specieID="OA_PP2ABPR72" value="0" />
<NanoMolarity specieID="OA_PP2AB56d" value="0" />
<NanoMolarity specieID="OA_pPP2A" value="0" />
<NanoMolarity specieID="OA_PP2Acal" value="0" />
<NanoMolarity specieID="OA_PP1" value="0" />
<NanoMolarity specieID="CyA_PP2B" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AKAR3" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pAKAR3" value="0" />
</ConcentrationSet>
<ConcentrationSet region="PSD" >
<!-- No leak in PSD to avoid too much spontaneous production with high calcium fluctuations -->
<NanoMolarity specieID="PKA" value="1600" />
<NanoMolarity specieID="PKAcAMP2" value="380" />
<NanoMolarity specieID="PKAcAMP4" value="20" />
<NanoMolarity specieID="PKAc" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAr" value="0" />
</ConcentrationSet>
<ConcentrationSet region="neck" >
<!--make leak into neck smaller to decrease basal Ca and PLC activation -->
<NanoMolarity specieID="Leak" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="pmca" value="660"/>
<NanoMolarity specieID="pmcaCa" value="220"/>
<NanoMolarity specieID="ncx" value="14980"/>
<NanoMolarity specieID="ncxCa" value="120"/>
<NanoMolarity specieID="PDE10" value="1244" />
<NanoMolarity specieID="PDE10cAMP" value="208" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE10" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE10cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10PP2A" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10cAMP" value="0" />
</ConcentrationSet>
<ConcentrationSet region="head" >
<NanoMolarity specieID="Leak" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="pmca" value="760"/>
<NanoMolarity specieID="pmcaCa" value="120"/>
<NanoMolarity specieID="ncx" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="ncxCa" value="0"/>
<NanoMolarity specieID="D1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="DaD1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gsabg" value="1680" />
<NanoMolarity specieID="GsD1R" value="200" />
<NanoMolarity specieID="DaD1RGs" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pDaD1RGs" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pGsD1R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GsaGTP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GsaGDP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gbg" value="360" />
<!-- ACh m4 associated membrane molecules, m4R=200, Gi=2000 -->
<NanoMolarity specieID="m4R" value="120" />
<NanoMolarity specieID="AChm4R" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Giabg" value="1680"/>
<NanoMolarity specieID="AChm4RGi" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Gim4R" value="80"/>
<NanoMolarity specieID="GiaGDP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="GiaGTP" value="80" />
<NanoMolarity specieID="MgluR" value="700" />
<NanoMolarity specieID="MgluRGq" value="100" />
<NanoMolarity specieID="Gqabg" value="7900" />
<NanoMolarity specieID="Plc" value="1160" />
<NanoMolarity specieID="PlcCa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Pip2" value="19090" />
<NanoMolarity specieID="PlcCaPip2" value="20" />
<NanoMolarity specieID="Dag" value="40" />
<NanoMolarity specieID="DagK" value="280" />
<NanoMolarity specieID="Dgl" value="1260" />
<NanoMolarity specieID="CaDgl" value="350" />
<NanoMolarity specieID="DagCaDgl" value="50" />
<NanoMolarity specieID="pDgl" value="20" />
<NanoMolarity specieID="CapDgl" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PIkinase" value="560" />
<NanoMolarity specieID="Ip3degPIk" value="0" />
<NanoMolarity specieID="Ip3" value="90" />
<NanoMolarity specieID="AC5" value="760" />
<NanoMolarity specieID="AC5Gsa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaATP" value="80" />
<NanoMolarity specieID="AC5Gia" value="120" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaGia" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC5GsaGiaATP" value="40" />
<!-- AC1 is 10% of AC5 conc and SD -->
<NanoMolarity specieID="AC1" value="100" />
<NanoMolarity specieID="AC1Gsa" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC1GsaCamCa4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC1GsaCamCa4ATP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC1CamCa4" value="0" />
<NanoMolarity specieID="AC1CamCa4ATP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PDE10" value="1175" />
<NanoMolarity specieID="PDE10cAMP" value="276" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE10" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAcPDE10cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10PP2A" value="0" />
<NanoMolarity specieID="pPDE10cAMP" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKA" value="1700" />
<NanoMolarity specieID="PKAcAMP2" value="280" />
<NanoMolarity specieID="PKAcAMP4" value="20" />
<NanoMolarity specieID="PKAc" value="0" />
<NanoMolarity specieID="PKAr" value="0" />
</ConcentrationSet>
<SurfaceDensitySet region="dend" >
<PicoSD specieID="Leak" value="100"/>
<PicoSD specieID="CaOutLeak" value="800"/>
<PicoSD specieID="pmca" value="71"/>
<PicoSD specieID="pmcaCa" value="29"/>
<PicoSD specieID="ncx" value="2840"/>
<PicoSD specieID="ncxCa" value="160"/>
<!-- D1 associated membrane molecules, D1R=200, Gs=2000 -->
<PicoSD specieID="D1R" value="0" />
<PicoSD specieID="DaD1R" value="0" />
<PicoSD specieID="Gsabg" value="1765" />
<PicoSD specieID="DaD1RGs" value="0" />
<PicoSD specieID="GsD1R" value="200" />
<PicoSD specieID="pDaD1RGs" value="0" />
<PicoSD specieID="PKAcDaD1RGs" value="0" />
<PicoSD specieID="GsaGDP" value="0" />
<PicoSD specieID="GsaGTP" value="0" />
<PicoSD specieID="Gbg" value="392" />
<!-- ACh m4 associated membrane molecules, m4R=200, Gi=2000 -->
<PicoSD specieID="m4R" value="5" />
<PicoSD specieID="AChm4R" value="0" />
<PicoSD specieID="Giabg" value="1448"/>
<PicoSD specieID="AChm4RGi" value="33" />
<PicoSD specieID="Gim4R" value="162"/>
<PicoSD specieID="GiaGDP" value="0" />
<PicoSD specieID="GiaGTP" value="22" />
<!-- membrane associated cyclases and PDE10. A5Ctot=500 (with deltaY=0.1, conc is 10x) -->
<PicoSD specieID="AC5" value="160" />
<PicoSD specieID="AC5Gsa" value="0" />
<PicoSD specieID="AC5GsaATP" value="15" />
<PicoSD specieID="AC5Ca" value="0" />
<PicoSD specieID="AC5GsaCa" value="0" />
<PicoSD specieID="AC5GsaCaATP" value="0" />
<PicoSD specieID="AC5Gia" value="315"/>
<PicoSD specieID="AC5GsaGia" value="0" />
<PicoSD specieID="AC5GsaGiaATP" value="20" />
<PicoSD specieID="AC1" value="50" />
<PicoSD specieID="AC1Gsa" value="0" />
<PicoSD specieID="AC1GsaCamCa4" value="0" />
<PicoSD specieID="AC1GsaCamCa4ATP" value="0" />
<PicoSD specieID="AC1CamCa4" value="0" />
<PicoSD specieID="AC1CamCa4ATP" value="0" />
<PicoSD specieID="PDE10" value="382" />
<PicoSD specieID="PDE10cAMP" value="60" />
<PicoSD specieID="PKAcPDE10" value="0" />
<PicoSD specieID="PKAcPDE10cAMP" value="0" />
<PicoSD specieID="pPDE10" value="10" />
<PicoSD specieID="pPDE10PP2A" value="30" />
<PicoSD specieID="pPDE10cAMP" value="0" />
<!-- all are within 1 order of magnitude to Falkenburger, who lists other references with density estimates near his-->
<PicoSD specieID="m1R" value="150" />
<PicoSD specieID="m1RGq" value="50" />
<PicoSD specieID="MgluR" value="30" />
<PicoSD specieID="MgluRGq" value="10" />
<PicoSD specieID="Gqabg" value="1950" />
<PicoSD specieID="Plc" value="177" />
<PicoSD specieID="PlcCa" value="8" />
<PicoSD specieID="Pip2" value="9525" />
<PicoSD specieID="PlcCaPip2" value="15" />
<PicoSD specieID="Dag" value="40" />
<PicoSD specieID="DagK" value="140" />
<PicoSD specieID="DagKdag" value="0" />
<PicoSD specieID="Dgl" value="308" />
<PicoSD specieID="CaDgl" value="72" />
<PicoSD specieID="DagCaDgl" value="40" />
<PicoSD specieID="pDgl" value="0" />
<PicoSD specieID="CapDgl" value="0" />
<PicoSD specieID="PIkinase" value="240" />
<PicoSD specieID="Ip3degPIk" value="40" />
<PicoSD specieID="Ip3" value="40" />
<PicoSD specieID="Ip3degrad" value="0" />
<!--sm Ip3 initialization is to more easily balance Pip2 and PIkinase -->
<PicoSD specieID="PKA" value="852" />
<PicoSD specieID="PKAcAMP2" value="128" />
<PicoSD specieID="PKAcAMP4" value="20" />
<PicoSD specieID="PKAc" value="0" />
<PicoSD specieID="PKAr" value="0" />
</SurfaceDensitySet>
<!-- number densities are in particles per cubic micron. You
get about one particles per cubic micron in a 1.6 nM solution -->
<!-- surface concentrations for membrane-bound species. The value attribute for
a PicoSD element is the number of picomoles per square metre. For comparison
with the volume concentrations, a surface density of 1 picomole/m^2, if spread
over a layer 1 micron deep, gives a 1 nanoMolar solution, so to average one
particle per square micron you need a PicoSD value of about 1.6. -->
</InitialConditions>