from neuron import h, gui
import numpy
"""This functino sets up recording for soma and D4 location and return them in a tuple of list of vectors"""
def set_up_full_recording(dendnum):
v_vecD4 = h.Vector()
v_vecD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_v)
IhD4 = h.Vector()
IhD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ih_Ih)
INaD4 = h.Vector()
INaD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ina_Nadend)
IKaD4 = h.Vector()
IKaD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ik_Ika)
IKdrfD4= h.Vector()
IKdrfD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ik_Ikdrf)
IKdrsD4 = h.Vector()
IKdrsD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ik_Ikdrs)
ImD4 = h.Vector()
ImD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ik_IM)
IKCaD4 = h.Vector()
IKCaD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ik_kca)
ICaLD4 = h.Vector()
ICaLD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ica_cal)
ICaTD4 = h.Vector()
ICaTD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_ica_cat)
IlD4 = h.Vector()
IlD4.record(h.dend[dendnum](0)._ref_i_passsd)
recording = [v_vecD4, IKaD4, IKdrfD4, IKdrsD4, IKCaD4, ImD4, IlD4, INaD4, ICaTD4, ICaLD4, IhD4]
return recording
def record_soma(somanum):
v_vecD4 = h.Vector()
v_vecD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_v)
IhD4 = h.Vector()
IhD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ih_Ih)
INaD4 = h.Vector()
INaD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ina_Nasoma)
IKaD4 = h.Vector()
IKaD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ik_Ika)
IKdrfD4 = h.Vector()
IKdrfD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ik_Ikdrf)
IKdrsD4 = h.Vector()
IKdrsD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ik_Ikdrs)
ImD4 = h.Vector()
ImD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_ik_IM)
IlD4 = h.Vector()
IlD4.record(h.soma[somanum](0.5)._ref_i_passsd)
recording = [v_vecD4, IKaD4, IKdrfD4, IKdrsD4, ImD4, IlD4, INaD4, IhD4]
return recording
def record_V_and_Cai():
v_vec = h.Vector()
v_vec.record(h.dend[0](0)._ref_v)
Cai = h.Vector()
Cai.record(h.dend[0](0)._ref_cai)
d4_comp = 50
v_vecd4 = h.Vector()
v_vecd4.record(h.dend[d4_comp](0)._ref_v)
Caid4 = h.Vector()
Caid4.record(h.dend[d4_comp](0)._ref_cai)
return [v_vec, Cai], [v_vecd4, Caid4]
def record_ica_and_Cai():
ica = h.Vector()
ica.record(h.dend[0](0)._ref_ica)
Cai = h.Vector()
Cai.record(h.dend[0](0)._ref_cai)
d4_comp = 50
icad4 = h.Vector()
icad4.record(h.dend[d4_comp](0)._ref_ica)
Caid4 = h.Vector()
Caid4.record(h.dend[d4_comp](0)._ref_cai)
return [ica, Cai], [icad4, Caid4]
def record_V_cai_ica_dend(dend_num):
ica = h.Vector()
ica.record(h.dend[dend_num](0)._ref_ica)
v = h.Vector()
v.record(h.dend[dend_num](0)._ref_v)
cai = h.Vector()
cai.record(h.dend[dend_num](0)._ref_cai)
return v, cai, ica