alcohol = 0 // IF THIS IS SET TO 1 THEN WE IMPLEMENT THE ALCOHOL PUMP DECLINE
// Note that for alcohol experiments you need to set km of pump.mod to be 12 instead of 40
multiple = 1 // this is a single parameter that can affect the rate of decline. But is more complicated than this though, so take a look at code below.
NumSmoothDendrite=85
NumSpinyDendrite=1002
create soma, SmoothDendrite[NumSmoothDendrite], SpinyDendrite[NumSpinyDendrite]
access soma
soma connect SmoothDendrite[0](0),1
soma {nseg=1 L=22 diam=22 }
SmoothDendrite[0] {nseg=1 L=18 diam=4 }
SmoothDendrite[0] connect SmoothDendrite[1](0),1
SmoothDendrite[1] {nseg=1 L=39 diam=4 }
SmoothDendrite[1] connect SmoothDendrite[2](0),1
SmoothDendrite[2] {nseg=1 L=12 diam=2 }
SmoothDendrite[2] connect SmoothDendrite[3](0),1
SmoothDendrite[3] {nseg=1 L=7 diam=2 }
SmoothDendrite[2] connect SmoothDendrite[4](0),1
SmoothDendrite[4] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[4] connect SmoothDendrite[5](0),1
SmoothDendrite[5] {nseg=1 L=10 diam=2 }
SmoothDendrite[1] connect SmoothDendrite[6](0),1
SmoothDendrite[6] {nseg=1 L=10 diam=5 }
SmoothDendrite[6] connect SmoothDendrite[7](0),1
SmoothDendrite[7] {nseg=1 L=37 diam=4 }
SmoothDendrite[7] connect SmoothDendrite[8](0),1
SmoothDendrite[8] {nseg=1 L=2 diam=4 }
SmoothDendrite[7] connect SmoothDendrite[9](0),1
SmoothDendrite[9] {nseg=1 L=15 diam=4 }
SmoothDendrite[9] connect SmoothDendrite[10](0),1
SmoothDendrite[10] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SmoothDendrite[9] connect SmoothDendrite[11](0),1
SmoothDendrite[11] {nseg=1 L=2 diam=4 }
SmoothDendrite[11] connect SmoothDendrite[12](0),1
SmoothDendrite[12] {nseg=1 L=7 diam=4 }
SmoothDendrite[12] connect SmoothDendrite[13](0),1
SmoothDendrite[13] {nseg=1 L=2 diam=4 }
SmoothDendrite[13] connect SmoothDendrite[14](0),1
SmoothDendrite[14] {nseg=1 L=32 diam=4 }
SmoothDendrite[14] connect SmoothDendrite[15](0),1
SmoothDendrite[15] {nseg=1 L=11 diam=3 }
SmoothDendrite[17] connect SmoothDendrite[16](0),1
SmoothDendrite[16] {nseg=1 L=3 diam=2 }
SmoothDendrite[14] connect SmoothDendrite[17](0),1
SmoothDendrite[17] {nseg=1 L=3 diam=2 }
SmoothDendrite[15] connect SmoothDendrite[18](0),1
SmoothDendrite[18] {nseg=1 L=12 diam=3 }
SmoothDendrite[18] connect SmoothDendrite[19](0),1
SmoothDendrite[19] {nseg=1 L=8 diam=3 }
SmoothDendrite[19] connect SmoothDendrite[20](0),1
SmoothDendrite[20] {nseg=1 L=3 diam=2 }
SmoothDendrite[20] connect SmoothDendrite[21](0),1
SmoothDendrite[21] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SmoothDendrite[21] connect SmoothDendrite[22](0),1
SmoothDendrite[22] {nseg=1 L=27 diam=2 }
SmoothDendrite[22] connect SmoothDendrite[23](0),1
SmoothDendrite[23] {nseg=1 L=5 diam=2 }
SmoothDendrite[23] connect SmoothDendrite[24](0),1
SmoothDendrite[24] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[6] connect SmoothDendrite[25](0),1
SmoothDendrite[25] {nseg=1 L=10 diam=5 }
SmoothDendrite[25] connect SmoothDendrite[26](0),1
SmoothDendrite[26] {nseg=1 L=12 diam=2 }
SmoothDendrite[26] connect SmoothDendrite[27](0),1
SmoothDendrite[27] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[27] connect SmoothDendrite[28](0),1
SmoothDendrite[28] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[28] connect SmoothDendrite[29](0),1
SmoothDendrite[29] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[25] connect SmoothDendrite[30](0),1
SmoothDendrite[30] {nseg=1 L=12 diam=5 }
SmoothDendrite[30] connect SmoothDendrite[31](0),1
SmoothDendrite[31] {nseg=1 L=6 diam=5 }
SmoothDendrite[31] connect SmoothDendrite[32](0),1
SmoothDendrite[32] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SmoothDendrite[32] connect SmoothDendrite[33](0),1
SmoothDendrite[33] {nseg=1 L=13 diam=2 }
SmoothDendrite[33] connect SmoothDendrite[34](0),1
SmoothDendrite[34] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[31] connect SmoothDendrite[35](0),1
SmoothDendrite[35] {nseg=1 L=22 diam=4 }
SmoothDendrite[35] connect SmoothDendrite[36](0),1
SmoothDendrite[36] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SmoothDendrite[35] connect SmoothDendrite[37](0),1
SmoothDendrite[37] {nseg=1 L=4 diam=4 }
SmoothDendrite[37] connect SmoothDendrite[38](0),1
SmoothDendrite[38] {nseg=1 L=20 diam=4 }
SmoothDendrite[38] connect SmoothDendrite[39](0),1
SmoothDendrite[39] {nseg=1 L=23 diam=1 }
SmoothDendrite[38] connect SmoothDendrite[40](0),1
SmoothDendrite[40] {nseg=1 L=6 diam=4 }
SmoothDendrite[40] connect SmoothDendrite[41](0),1
SmoothDendrite[41] {nseg=1 L=4 diam=4 }
SmoothDendrite[41] connect SmoothDendrite[42](0),1
SmoothDendrite[42] {nseg=1 L=1 diam=2 }
SmoothDendrite[42] connect SmoothDendrite[43](0),1
SmoothDendrite[43] {nseg=1 L=3 diam=2 }
SmoothDendrite[41] connect SmoothDendrite[44](0),1
SmoothDendrite[44] {nseg=1 L=18 diam=3 }
SmoothDendrite[44] connect SmoothDendrite[45](0),1
SmoothDendrite[45] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[45] connect SmoothDendrite[46](0),1
SmoothDendrite[46] {nseg=1 L=20 diam=2 }
SmoothDendrite[44] connect SmoothDendrite[47](0),1
SmoothDendrite[47] {nseg=1 L=8 diam=3 }
SmoothDendrite[47] connect SmoothDendrite[48](0),1
SmoothDendrite[48] {nseg=1 L=5 diam=3 }
SmoothDendrite[48] connect SmoothDendrite[49](0),1
SmoothDendrite[49] {nseg=1 L=9 diam=2 }
SmoothDendrite[49] connect SmoothDendrite[50](0),1
SmoothDendrite[50] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SmoothDendrite[50] connect SmoothDendrite[51](0),1
SmoothDendrite[51] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SmoothDendrite[0] connect SmoothDendrite[52](0),1
SmoothDendrite[52] {nseg=1 L=22 diam=4 }
SmoothDendrite[52] connect SmoothDendrite[53](0),1
SmoothDendrite[53] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[53] connect SmoothDendrite[54](0),1
SmoothDendrite[54] {nseg=1 L=18 diam=2 }
SmoothDendrite[52] connect SmoothDendrite[55](0),1
SmoothDendrite[55] {nseg=1 L=22 diam=6 }
SmoothDendrite[55] connect SmoothDendrite[56](0),1
SmoothDendrite[56] {nseg=1 L=8 diam=2 }
SmoothDendrite[55] connect SmoothDendrite[57](0),1
SmoothDendrite[57] {nseg=1 L=2 diam=6 }
SmoothDendrite[57] connect SmoothDendrite[58](0),1
SmoothDendrite[58] {nseg=1 L=3 diam=5 }
SmoothDendrite[58] connect SmoothDendrite[59](0),1
SmoothDendrite[59] {nseg=1 L=3 diam=6 }
SmoothDendrite[59] connect SmoothDendrite[60](0),1
SmoothDendrite[60] {nseg=1 L=8 diam=2 }
SmoothDendrite[59] connect SmoothDendrite[61](0),1
SmoothDendrite[61] {nseg=1 L=14 diam=6 }
SmoothDendrite[61] connect SmoothDendrite[62](0),1
SmoothDendrite[62] {nseg=1 L=44 diam=2 }
SmoothDendrite[62] connect SmoothDendrite[63](0),1
SmoothDendrite[63] {nseg=1 L=12 diam=2 }
SmoothDendrite[63] connect SmoothDendrite[64](0),1
SmoothDendrite[64] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[62] connect SmoothDendrite[65](0),1
SmoothDendrite[65] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[65] connect SmoothDendrite[66](0),1
SmoothDendrite[66] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[66] connect SmoothDendrite[67](0),1
SmoothDendrite[67] {nseg=1 L=13 diam=1 }
SmoothDendrite[67] connect SmoothDendrite[68](0),1
SmoothDendrite[68] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SmoothDendrite[61] connect SmoothDendrite[69](0),1
SmoothDendrite[69] {nseg=1 L=10 diam=6 }
SmoothDendrite[69] connect SmoothDendrite[70](0),1
SmoothDendrite[70] {nseg=1 L=4 diam=3 }
SmoothDendrite[70] connect SmoothDendrite[71](0),1
SmoothDendrite[71] {nseg=1 L=4 diam=3 }
SmoothDendrite[69] connect SmoothDendrite[72](0),1
SmoothDendrite[72] {nseg=1 L=2 diam=6 }
SmoothDendrite[72] connect SmoothDendrite[73](0),1
SmoothDendrite[73] {nseg=1 L=24 diam=5 }
SmoothDendrite[73] connect SmoothDendrite[74](0),1
SmoothDendrite[74] {nseg=1 L=52 diam=2 }
SmoothDendrite[74] connect SmoothDendrite[75](0),1
SmoothDendrite[75] {nseg=1 L=16 diam=2 }
SmoothDendrite[73] connect SmoothDendrite[76](0),1
SmoothDendrite[76] {nseg=1 L=14 diam=4 }
SmoothDendrite[76] connect SmoothDendrite[77](0),1
SmoothDendrite[77] {nseg=1 L=2 diam=4 }
SmoothDendrite[77] connect SmoothDendrite[78](0),1
SmoothDendrite[78] {nseg=1 L=14 diam=4 }
SmoothDendrite[78] connect SmoothDendrite[79](0),1
SmoothDendrite[79] {nseg=1 L=24 diam=4 }
SmoothDendrite[79] connect SmoothDendrite[80](0),1
SmoothDendrite[80] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SmoothDendrite[79] connect SmoothDendrite[81](0),1
SmoothDendrite[81] {nseg=1 L=8 diam=2 }
SmoothDendrite[81] connect SmoothDendrite[82](0),1
SmoothDendrite[82] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SmoothDendrite[82] connect SmoothDendrite[83](0),1
SmoothDendrite[83] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SmoothDendrite[83] connect SmoothDendrite[84](0),1
SmoothDendrite[84] {nseg=1 L=12 diam=2 }
/**** Spiny 1 ****/
SmoothDendrite[53] connect SpinyDendrite[0](0),1
SpinyDendrite[0] {nseg=1 L=8 diam=1 }
/**** Spiny 2 ****/
SmoothDendrite[54] connect SpinyDendrite[1](0),1
SpinyDendrite[1] {nseg=1 L=9 diam=2 }
SpinyDendrite[1] connect SpinyDendrite[2](0),1
SpinyDendrite[2] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[2] connect SpinyDendrite[3](0),1
SpinyDendrite[3] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[2] connect SpinyDendrite[4](0),1
SpinyDendrite[4] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[1] connect SpinyDendrite[5](0),1
SpinyDendrite[5] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[5] connect SpinyDendrite[6](0),1
SpinyDendrite[6] {nseg=1 L=5 diam=1.0 }
SpinyDendrite[5] connect SpinyDendrite[7](0),1
SpinyDendrite[7] {nseg=1 L=9 diam=1.0 }
/**** Spiny 3 ****/
SmoothDendrite[54] connect SpinyDendrite[8](0),1
SpinyDendrite[8] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SpinyDendrite[8] connect SpinyDendrite[9](0),1
SpinyDendrite[9] {nseg=1 L=9 diam=1.0 }
SpinyDendrite[8] connect SpinyDendrite[10](0),1
SpinyDendrite[10] {nseg=1 L=5 diam=2.0 }
SpinyDendrite[10] connect SpinyDendrite[11](0),1
SpinyDendrite[11] {nseg=1 L=10 diam=1.0 }
SpinyDendrite[10] connect SpinyDendrite[12](0),1
SpinyDendrite[12] {nseg=1 L=2 diam=2.0 }
SpinyDendrite[12] connect SpinyDendrite[13](0),1
SpinyDendrite[13] {nseg=1 L=13 diam=1.4 }
SpinyDendrite[13] connect SpinyDendrite[14](0),1
SpinyDendrite[14] {nseg=1 L=7 diam=1.0 }
SpinyDendrite[13] connect SpinyDendrite[15](0),1
SpinyDendrite[15] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[12] connect SpinyDendrite[16](0),1
SpinyDendrite[16] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[16] connect SpinyDendrite[17](0),1
SpinyDendrite[17] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[16] connect SpinyDendrite[18](0),1
SpinyDendrite[18] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[18] connect SpinyDendrite[19](0),1
SpinyDendrite[19] {nseg=1 L=3 diam=1 }
SpinyDendrite[18] connect SpinyDendrite[20](0),1
SpinyDendrite[20] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[20] connect SpinyDendrite[21](0),1
SpinyDendrite[21] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[20] connect SpinyDendrite[22](0),1
SpinyDendrite[22] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[22] connect SpinyDendrite[23](0),1
SpinyDendrite[23] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[22] connect SpinyDendrite[24](0),1
SpinyDendrite[24] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[24] connect SpinyDendrite[25](0),1
SpinyDendrite[25] {nseg=1 L=2 diam=1 }
SpinyDendrite[24] connect SpinyDendrite[26](0),1
SpinyDendrite[26] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[26] connect SpinyDendrite[27](0),1
SpinyDendrite[27] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[26] connect SpinyDendrite[28](0),1
SpinyDendrite[28] {nseg=1 L=4 diam=1 }
/**** Spiny 4 ****/
SmoothDendrite[56] connect SpinyDendrite[29](0),1
SpinyDendrite[29] {nseg=1 L=11 diam=2 }
SpinyDendrite[29] connect SpinyDendrite[30](0),1
SpinyDendrite[30] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[30] connect SpinyDendrite[31](0),1
SpinyDendrite[31] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[30] connect SpinyDendrite[32](0),1
SpinyDendrite[32] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[29] connect SpinyDendrite[33](0),1
SpinyDendrite[33] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[33] connect SpinyDendrite[34](0),1
SpinyDendrite[34] {nseg=1 L=18 diam=1 }
SpinyDendrite[33] connect SpinyDendrite[35](0),1
SpinyDendrite[35] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[35] connect SpinyDendrite[36](0),1
SpinyDendrite[36] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[36] connect SpinyDendrite[37](0),1
SpinyDendrite[37] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[37] connect SpinyDendrite[38](0),1
SpinyDendrite[38] {nseg=1 L=18 diam=1 }
SpinyDendrite[37] connect SpinyDendrite[39](0),1
SpinyDendrite[39] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[36] connect SpinyDendrite[40](0),1
SpinyDendrite[40] {nseg=1 L=7 diam=1 }
SpinyDendrite[35] connect SpinyDendrite[41](0),1
SpinyDendrite[41] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SpinyDendrite[41] connect SpinyDendrite[42](0),1
SpinyDendrite[42] {nseg=1 L=8 diam=1.4 }
SpinyDendrite[42] connect SpinyDendrite[43](0),1
SpinyDendrite[43] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[42] connect SpinyDendrite[44](0),1
SpinyDendrite[44] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[41] connect SpinyDendrite[45](0),1
SpinyDendrite[45] {nseg=1 L=7 diam=1.4 }
SpinyDendrite[45] connect SpinyDendrite[46](0),1
SpinyDendrite[46] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[45] connect SpinyDendrite[47](0),1
SpinyDendrite[47] {nseg=1 L=7 diam=1.4 }
SpinyDendrite[46] connect SpinyDendrite[48](0),1
SpinyDendrite[48] {nseg=1 L=3 diam=1 }
SpinyDendrite[47] connect SpinyDendrite[49](0),1
SpinyDendrite[49] {nseg=1 L=6 diam=1 }
/**** Spiny 5 ****/
SmoothDendrite[56] connect SpinyDendrite[50](0),1
SpinyDendrite[50] {nseg=1 L=5 diam=2 }
SpinyDendrite[50] connect SpinyDendrite[51](0),1
SpinyDendrite[51] {nseg=1 L=17 diam=1 }
SpinyDendrite[50] connect SpinyDendrite[52](0),1
SpinyDendrite[52] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SpinyDendrite[52] connect SpinyDendrite[53](0),1
SpinyDendrite[53] {nseg=1 L=16 diam=1.4 }
SpinyDendrite[53] connect SpinyDendrite[54](0),1
SpinyDendrite[54] {nseg=1 L=15 diam=1}
SpinyDendrite[53] connect SpinyDendrite[55](0),1
SpinyDendrite[55] {nseg=1 L=3 diam=1 }
SpinyDendrite[52] connect SpinyDendrite[56](0),1
SpinyDendrite[56] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[56] connect SpinyDendrite[57](0),1
SpinyDendrite[57] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[56] connect SpinyDendrite[58](0),1
SpinyDendrite[58] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[58] connect SpinyDendrite[59](0),1
SpinyDendrite[59] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[58] connect SpinyDendrite[60](0),1
SpinyDendrite[60] {nseg=1 L=9 diam=1.4 }
SpinyDendrite[60] connect SpinyDendrite[61](0),1
SpinyDendrite[61] {nseg=1 L=14 diam=1 }
SpinyDendrite[60] connect SpinyDendrite[62](0),1
SpinyDendrite[62] {nseg=1 L=7 diam=1 }
/**** Spiny 6 ****/
SmoothDendrite[57] connect SpinyDendrite[63](0),1
SpinyDendrite[63] {nseg=1 L=16 diam=1.4 }
SpinyDendrite[63] connect SpinyDendrite[64](0),1
SpinyDendrite[64] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[63] connect SpinyDendrite[65](0),1
SpinyDendrite[65] {nseg=1 L=18 diam=1 }
/**** Spiny 7 ****/
SmoothDendrite[58] connect SpinyDendrite[66](0),1
SpinyDendrite[66] {nseg=1 L=10 diam=1.4 }
SpinyDendrite[66] connect SpinyDendrite[67](0),1
SpinyDendrite[67] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[66] connect SpinyDendrite[68](0),1
SpinyDendrite[68] {nseg=1 L=29 diam=1 }
/**** Spiny 8 ****/
SmoothDendrite[70] connect SpinyDendrite[69](0),1
SpinyDendrite[69] {nseg=1 L=11 diam=1.4 }
SpinyDendrite[69] connect SpinyDendrite[70](0),1
SpinyDendrite[70] {nseg=1 L=12 diam=1 }
SpinyDendrite[69] connect SpinyDendrite[71](0),1
SpinyDendrite[71] {nseg=1 L=1 diam=1.4 }
SpinyDendrite[71] connect SpinyDendrite[72](0),1
SpinyDendrite[72] {nseg=1 L=12 diam=1 }
SpinyDendrite[71] connect SpinyDendrite[73](0),1
SpinyDendrite[73] {nseg=1 L=9 diam=1 }
/**** Spiny 9 ****/
SmoothDendrite[71] connect SpinyDendrite[74](0),1
SpinyDendrite[74] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[74] connect SpinyDendrite[75](0),1
SpinyDendrite[75] {nseg=1 L=22 diam=1.4 }
SpinyDendrite[75] connect SpinyDendrite[76](0),1
SpinyDendrite[76] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[76] connect SpinyDendrite[77](0),1
SpinyDendrite[77] {nseg=1 L=14 diam=1 }
SpinyDendrite[76] connect SpinyDendrite[78](0),1
SpinyDendrite[78] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[75] connect SpinyDendrite[79](0),1
SpinyDendrite[79] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[74] connect SpinyDendrite[80](0),1
SpinyDendrite[80] {nseg=1 L=10 diam=1.4 }
SpinyDendrite[80] connect SpinyDendrite[81](0),1
SpinyDendrite[81] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[80] connect SpinyDendrite[82](0),1
SpinyDendrite[82] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[82] connect SpinyDendrite[83](0),1
SpinyDendrite[83] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[82] connect SpinyDendrite[84](0),1
SpinyDendrite[84] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[84] connect SpinyDendrite[85](0),1
SpinyDendrite[85] {nseg=1 L=23 diam=1 }
SpinyDendrite[84] connect SpinyDendrite[86](0),1
SpinyDendrite[86] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[86] connect SpinyDendrite[87](0),1
SpinyDendrite[87] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[86] connect SpinyDendrite[88](0),1
SpinyDendrite[88] {nseg=1 L=6 diam=1 }
/**** Spiny 10 ****/
SmoothDendrite[71] connect SpinyDendrite[89](0),1
SpinyDendrite[89] {nseg=1 L=12 diam=2 }
SpinyDendrite[89] connect SpinyDendrite[90](0),1
SpinyDendrite[90] {nseg=1 L=7 diam=1.4 }
SpinyDendrite[90] connect SpinyDendrite[91](0),1
SpinyDendrite[91] {nseg=1 L=26 diam=1 }
SpinyDendrite[90] connect SpinyDendrite[92](0),1
SpinyDendrite[92] {nseg=1 L=12 diam=1 }
SpinyDendrite[89] connect SpinyDendrite[93](0),1
SpinyDendrite[93] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[93] connect SpinyDendrite[94](0),1
SpinyDendrite[94] {nseg=1 L=14 diam=1 }
SpinyDendrite[93] connect SpinyDendrite[95](0),1
SpinyDendrite[95] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[95] connect SpinyDendrite[96](0),1
SpinyDendrite[96] {nseg=1 L=11 diam=1 }
SpinyDendrite[95] connect SpinyDendrite[97](0),1
SpinyDendrite[97] {nseg=1 L=7 diam=1.4 }
SpinyDendrite[97] connect SpinyDendrite[98](0),1
SpinyDendrite[98] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[97] connect SpinyDendrite[99](0),1
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/**** Spiny 24 ****/
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SpinyDendrite[933] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[933] connect SpinyDendrite[934](0),1
SpinyDendrite[934] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[933] connect SpinyDendrite[935](0),1
SpinyDendrite[935] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[932] connect SpinyDendrite[936](0),1
SpinyDendrite[936] {nseg=1 L=1 diam=2 }
SpinyDendrite[936] connect SpinyDendrite[937](0),1
SpinyDendrite[937] {nseg=1 L=1 diam=1.4 }
SpinyDendrite[937] connect SpinyDendrite[938](0),1
SpinyDendrite[938] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[938] connect SpinyDendrite[939](0),1
SpinyDendrite[939] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[938] connect SpinyDendrite[940](0),1
SpinyDendrite[940] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[937] connect SpinyDendrite[941](0),1
SpinyDendrite[941] {nseg=1 L=7 diam=1 }
SpinyDendrite[936] connect SpinyDendrite[942](0),1
SpinyDendrite[942] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[942] connect SpinyDendrite[943](0),1
SpinyDendrite[943] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[942] connect SpinyDendrite[944](0),1
SpinyDendrite[944] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[944] connect SpinyDendrite[945](0),1
SpinyDendrite[945] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[944] connect SpinyDendrite[946](0),1
SpinyDendrite[946] {nseg=1 L=10 diam=1 }
/**** Spiny 84 ****/
SmoothDendrite[5] connect SpinyDendrite[947](0),1
SpinyDendrite[947] {nseg=1 L=8 diam=2 }
SpinyDendrite[947] connect SpinyDendrite[948](0),1
SpinyDendrite[948] {nseg=1 L=13 diam=1.4 }
SpinyDendrite[948] connect SpinyDendrite[949](0),1
SpinyDendrite[949] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[948] connect SpinyDendrite[950](0),1
SpinyDendrite[950] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[947] connect SpinyDendrite[951](0),1
SpinyDendrite[951] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[951] connect SpinyDendrite[952](0),1
SpinyDendrite[952] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[951] connect SpinyDendrite[953](0),1
SpinyDendrite[953] {nseg=1 L=11 diam=1 }
/**** Spiny 85 ****/
SmoothDendrite[3] connect SpinyDendrite[954](0),1
SpinyDendrite[954] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[954] connect SpinyDendrite[955](0),1
SpinyDendrite[955] {nseg=1 L=16 diam=1 }
SpinyDendrite[954] connect SpinyDendrite[956](0),1
SpinyDendrite[956] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[956] connect SpinyDendrite[957](0),1
SpinyDendrite[957] {nseg=1 L=10 diam=1.4 }
SpinyDendrite[957] connect SpinyDendrite[958](0),1
SpinyDendrite[958] {nseg=1 L=17 diam=1.4 }
SpinyDendrite[958] connect SpinyDendrite[959](0),1
SpinyDendrite[959] {nseg=1 L=8 diam=1.4 }
SpinyDendrite[959] connect SpinyDendrite[960](0),1
SpinyDendrite[960] {nseg=1 L=3 diam=1 }
SpinyDendrite[959] connect SpinyDendrite[961](0),1
SpinyDendrite[961] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[957] connect SpinyDendrite[962](0),1
SpinyDendrite[962] {nseg=1 L=15 diam=1 }
SpinyDendrite[958] connect SpinyDendrite[963](0),1
SpinyDendrite[963] {nseg=1 L=2 diam=1 }
SpinyDendrite[956] connect SpinyDendrite[964](0),1
SpinyDendrite[964] {nseg=1 L=5 diam=1.4 }
SpinyDendrite[964] connect SpinyDendrite[965](0),1
SpinyDendrite[965] {nseg=1 L=14 diam=1 }
SpinyDendrite[964] connect SpinyDendrite[966](0),1
SpinyDendrite[966] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[966] connect SpinyDendrite[967](0),1
SpinyDendrite[967] {nseg=1 L=13 diam=1 }
SpinyDendrite[966] connect SpinyDendrite[968](0),1
SpinyDendrite[968] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[968] connect SpinyDendrite[969](0),1
SpinyDendrite[969] {nseg=1 L=11 diam=1 }
SpinyDendrite[968] connect SpinyDendrite[970](0),1
SpinyDendrite[970] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[970] connect SpinyDendrite[971](0),1
SpinyDendrite[971] {nseg=1 L=12 diam=1 }
SpinyDendrite[970] connect SpinyDendrite[972](0),1
SpinyDendrite[972] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[972] connect SpinyDendrite[973](0),1
SpinyDendrite[973] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[972] connect SpinyDendrite[974](0),1
SpinyDendrite[974] {nseg=1 L=4 diam=1.4 }
SpinyDendrite[974] connect SpinyDendrite[975](0),1
SpinyDendrite[975] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[974] connect SpinyDendrite[976](0),1
SpinyDendrite[976] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[976] connect SpinyDendrite[977](0),1
SpinyDendrite[977] {nseg=1 L=10 diam=1 }
SpinyDendrite[976] connect SpinyDendrite[978](0),1
SpinyDendrite[978] {nseg=1 L=3 diam=1 }
/**** Spiny 86 ****/
SmoothDendrite[3] connect SpinyDendrite[979](0),1
SpinyDendrite[979] {nseg=1 L=4 diam=2 }
SpinyDendrite[979] connect SpinyDendrite[980](0),1
SpinyDendrite[980] {nseg=1 L=6 diam=1.4 }
SpinyDendrite[980] connect SpinyDendrite[981](0),1
SpinyDendrite[981] {nseg=1 L=6 diam=1 }
SpinyDendrite[980] connect SpinyDendrite[982](0),1
SpinyDendrite[982] {nseg=1 L=2 diam=1 }
SpinyDendrite[979] connect SpinyDendrite[983](0),1
SpinyDendrite[983] {nseg=1 L=10 diam=2 }
SpinyDendrite[983] connect SpinyDendrite[984](0),1
SpinyDendrite[984] {nseg=1 L=2 diam=1.4 }
SpinyDendrite[984] connect SpinyDendrite[985](0),1
SpinyDendrite[985] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[985] connect SpinyDendrite[986](0),1
SpinyDendrite[986] {nseg=1 L=5 diam=1 }
SpinyDendrite[985] connect SpinyDendrite[987](0),1
SpinyDendrite[987] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[984] connect SpinyDendrite[988](0),1
SpinyDendrite[988] {nseg=1 L=2 diam=1 }
SpinyDendrite[983] connect SpinyDendrite[989](0),1
SpinyDendrite[989] {nseg=1 L=7 diam=2 }
SpinyDendrite[989] connect SpinyDendrite[990](0),1
SpinyDendrite[990] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[989] connect SpinyDendrite[991](0),1
SpinyDendrite[991] {nseg=1 L=6 diam=2 }
SpinyDendrite[991] connect SpinyDendrite[992](0),1
SpinyDendrite[992] {nseg=1 L=2 diam=1 }
SpinyDendrite[991] connect SpinyDendrite[993](0),1
SpinyDendrite[993] {nseg=1 L=2 diam=2 }
SpinyDendrite[993] connect SpinyDendrite[994](0),1
SpinyDendrite[994] {nseg=1 L=8 diam=1.4 }
SpinyDendrite[994] connect SpinyDendrite[995](0),1
SpinyDendrite[995] {nseg=1 L=8 diam=1 }
SpinyDendrite[994] connect SpinyDendrite[996](0),1
SpinyDendrite[996] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[993] connect SpinyDendrite[997](0),1
SpinyDendrite[997] {nseg=1 L=3 diam=1.4 }
SpinyDendrite[997] connect SpinyDendrite[998](0),1
SpinyDendrite[998] {nseg=1 L=4 diam=1 }
SpinyDendrite[997] connect SpinyDendrite[999](0),1
SpinyDendrite[999] {nseg=1 L=7 diam=1.4 }
SpinyDendrite[999] connect SpinyDendrite[1000](0),1
SpinyDendrite[1000] {nseg=1 L=11 diam=1 }
SpinyDendrite[999] connect SpinyDendrite[1001](0),1
SpinyDendrite[1001] {nseg=1 L=5 diam=1 }
// ------------------------------------
// corrD
// ------------------------------------
corrD = 1
// ------------------------------------
// mouse (setting the KAF - set it here, so smoothDendrites and SpinyDendrites both get same value garuanteed)
// ------------------------------------
mouse = 0.06 // with 0.06 it bursts after about 5,200 ms
// 0.07 bursts after about 3000 ms // 0.05 - too long tonic // 0.09 - bursts after about 1,500 ms // 0.11 - bursts after about 1000 ms
// 0.1428571428571 // 0.143
// IN ORIGINAL PUBLICATION: IN FULL MODEL IS 0.143, IN 40 COMPARTMENT IS 0.033, IN 5 COMPARTMENT IS 0.02. IN 2 COMPARTMENT is 0.008 (though if Ra=250 it is 0.0055)
// ------------------------------------
// ERG density (setting the ERG - set it here, so smoothDendrites and SpinyDendrites both get same value garuanteed)
// ------------------------------------
flashcash = 0
// ----------------------------------------------------------
nab = 0.036 // KD
ruti = 0.032 // KA
tt = 0.001 // Whalter Kv1.1 (which you have introduced as kv1.2)
// ---------------------------------------------------------------
access soma
soma {
cm = 0.8
insert narsg // Na current. Resurgent. Markov model
insert hpkj // Ih hyperpolarisation activated cation current
insert bkpkj // BK ca2+ dependent K+ current
insert cadiff // calcium diffusion
insert kpkj
insert kpkj2
insert kpkjslow
insert captain // P type ca. P type calcium current
gbar_narsg = 0.156
ghbar_hpkj = 0.00104
gkbar_bkpkj = 0.0728
gkbar_kpkj = 0.0416
gkbar_kpkj2 = 0.0208
gkbar_kpkjslow = 0.0416
pcabar_captain = 0.00052 // 0.00005
insert lkpkj // leak current
e_lkpkj = -70
g_lkpkj = 0.0001
ena = 60
ek = -88
// -------------------
insert pump
km_pump = 40 // Michaelis-Menten
n_pump = 1
decline_pump = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_pump = 1 // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_pump = 0 // this is the lag before the decline takes place
lex_pump = 70 * multiple // this sets the speed of the decline
// -------------------
insert nadifl D_nadifl = 0.60
tau_nadifl = 5000
insert myexchangersoma
//----------------------
insert mypumpsoma
decline_mypumpsoma = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_mypumpsoma = 0.5 // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_mypumpsoma = 50000 // this is the lag before the decline takes place
lex_mypumpsoma = 200 * multiple // this sets the speed of the decline
green_mypumpsoma = 50000 // this is the lag before the second rate of decline takes place
lux_mypumpsoma = 200 * multiple // this sets the speed of the second set of decline
//----------------------
insert gkca
gkbar_gkca = 0.01
}
for i=0,84 SmoothDendrite[i] {
cm=0.8 * corrD
insert cha gkhbar_cha = 0.00028914405 * corrD // Ih hyperpolarisation activated cation current. CHANGED NAME
insert leak
gl_leak = (7.93319415*10^-5) * corrD
el_leak = -80
insert cap2 cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cap2 = 0.0016 * corrD
insert cat cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cat = 0.0006 * corrD
insert cae cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cae = 0.0032 * corrD
insert khh gkbar_khh = 0.00024 * corrD
insert km gkbar_km = 0.000004 * corrD
insert ka gkbar_ka = ruti * corrD
insert kd gkbar_kd = nab * corrD
insert kc3 gkbar_kc3 = 0.06 * corrD
insert k23 gkbar_k23 = 0.000156 * corrD
insert cad taur_cad = 2 cainf_cad = 4e-5
kt_cad = 4e-5 kd_cad = 4e-5
depth_cad = 0.1 * corrD
insert kv1
gbar_kv1 = tt * corrD
insert kdyn
KAF_kdyn = mouse
dep_kdyn = 70e-3
peak_kdyn = 3.03 // peak value of extracellular K concentration (because of buffering system)
insert myexchanger
ImaxNax_myexchanger = 0.00208768267 * corrD
//----------------------
insert mypump
decline_mypump = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_mypump = 0.00208768267 * corrD // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_mypump = 50000 // this is the lag before the decline takes place
lex_mypump = 200 * multiple // this sets the speed of the decline
//----------------------
insert newnew
km_newnew = 2.245
n_newnew = 1
decline_newnew = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_newnew = 0.0010438413 * corrD // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_newnew = 50000 // this is the lag before the decline takes place
lex_newnew = 200 * multiple // this sets the speed of the decline
//----------------------
// YOUR OWN ERG CURRENT (sequential, Hodgkin-Huxley)
insert erg
gbar_erg = flashcash * corrD // 0.01, 0.03 too small 0.1 does it, 0.05 does it. (with vhalf = -5)
vhalf_erg = -5 // - 35 is the default, but you could legitimately change this to -5 because it is -5 with physiological levels of external calcium
// (external calcium allosterically effects the channel)
}
for i=0,1001 SpinyDendrite[i] {
cm=1.5 * corrD // changed to 1.5 for spinydendrites
insert cha gkhbar_cha = 0.00028914405 * corrD // Ih hyperpolarisation activated cation current. CHANGED NAME
insert leak
gl_leak = (7.93319415*10^-5) * corrD
el_leak = -80
insert cap2 cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cap2 = 0.0016 * corrD
insert cat cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cat = 0.0006 * corrD
insert cae cai = 4e-5 cao = 2.4 gcabar_cae = 0.0032 * corrD
insert khh gkbar_khh = 0.00024 * corrD
insert km gkbar_km = 0.000004 * corrD
insert ka gkbar_ka = ruti * corrD
insert kd gkbar_kd = nab * corrD
insert kc3 gkbar_kc3 = 0.06 * corrD
insert k23 gkbar_k23 = 0.000156 * corrD
insert cad taur_cad = 2 cainf_cad = 4e-5
kt_cad = 4e-5 kd_cad = 4e-5
depth_cad = 0.1 * corrD
insert kv1
gbar_kv1 = tt * corrD
insert kdyn
KAF_kdyn = mouse
dep_kdyn = 70e-3
peak_kdyn = 3.03 // peak value of extracellular K concentration (because of buffering system)
insert myexchanger
ImaxNax_myexchanger = 0.00208768267 * corrD
//----------------------
insert mypump
decline_mypump = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_mypump = 0.00208768267 * corrD // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_mypump = 50000 // this is the lag before the decline takes place
lex_mypump = 200 * multiple // this sets the speed of the decline
//----------------------
insert newnew
km_newnew = 2.245
n_newnew = 1
decline_newnew = alcohol // If this is set to 1 then we switch on the oubain/alcohol pump decline system
initialdensity_newnew = 0.0010438413 * corrD // this is the density before the decline or the fixed density if no decline is chosen
red_newnew = 50000 // this is the lag before the decline takes place
lex_newnew = 200 * multiple // this sets the speed of the decline
//----------------------
// YOUR OWN ERG CURRENT (sequential, Hodgkin-Huxley)
insert erg
gbar_erg = flashcash * corrD // 0.01, 0.03 too small 0.1 does it, 0.05 does it. (with vhalf = -5)
vhalf_erg = -5 // - 35 is the default, but you could legitimately change this to -5 because it is -5 with physiological levels of external calcium
// (external calcium allosterically effects the channel)
}
// ------------------------------------
// Some global stuff.
// ------------------------------------
global_ra = 250
set_ra()
celsius = 36
// ----------------
// Synapses
// ----------------
// ---------
// STELLATE
// ---------
// inix = 10000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
inix = 0
rux = 0.001
objref Econn
objref Isynapse
objref Ispikesource // A spike source for our inhibitory synapse
objref icit_synapses,inhib_synapses, nc_list
inhib_synapses = new List()
icit_synapses = new List()
nc_list = new List()
//---
//SmoothDendrite
// 2 stellate cell synaptic contacts on every smooth dendritic compartment
// Ispikesource.noise set to 1 because firing asynchronously
//---
for i=0,84 SmoothDendrite[i] {
SmoothDendrite icit_synapses.append(Ispikesource = new NetStim(0.5)) // arbitrary location
Ispikesource.interval = 1000
/* inter-spike interval of the input (in ms) 1Hz = 1000ms inter-spike
interval
100Hz = 10ms interspike interval
*/
Ispikesource.number = inix
Ispikesource.start = 0
Ispikesource.noise = 1 // =0 periodic input, = 1 Poisson
for j=0,1 {
SmoothDendrite inhib_synapses.append(Isynapse = new Exp2Syn(0.5))
/* the location of synapse on the compartment */
Isynapse.tau1 = 0.9 // synaptic time constant (ms)
Isynapse.tau2 = 26.5 // synaptic time constant (ms)
Isynapse.e = -80 // synaptic reversal potential (mV)
/* opening time constant of 0.9 ms, a closing time constant of 26.5 ms
and a reversal potential of -80 mV. */
thresh = 10 // not important when connection is from NetStim
delay = 0.0
Iweight = rux // 0.09604 // 0.2 // 0.002604 // 0.02604 // 52.08 connection strength in S
Econn = new NetCon(Ispikesource, Isynapse, thresh, delay, Iweight)
nc_list.append(Econn)
}
}
//---
//SpinyDendrite
//1 contact on every spiny dendritic compartment
// Ispikesource.noise set to 1 because firing asynchronously
//---
for i=0,1001 SpinyDendrite[i] {
SpinyDendrite icit_synapses.append(Ispikesource = new NetStim(0.5)) // arbitrary location
Ispikesource.interval = 1000
/* inter-spike interval of the input (in ms) 1Hz = 1000ms inter-spike
interval
100Hz = 10ms interspike interval
*/
Ispikesource.number = inix
Ispikesource.start = 0
Ispikesource.noise = 1 // =0 periodic input, = 1 Poisson
SpinyDendrite inhib_synapses.append(Isynapse = new Exp2Syn(0.5)) /* the location of
synapse on
the compartment */
Isynapse.tau1 = 0.9 // synaptic time constant (ms)
Isynapse.tau2 = 26.5 // synaptic time constant (ms)
Isynapse.e = -80 // synaptic reversal potential (mV)
/* opening time constant of 0.9 ms, a closing time constant of 26.5 ms
and a reversal potential of -80 mV. */
thresh = 10 // not important when connection is from NetStim
delay = 0.0
Iweight = rux // 0.09604 // 0.2 // 0.002604 // 0.02604 // 260.4 connection strength in S
Econn = new NetCon(Ispikesource, Isynapse, thresh, delay, Iweight)
nc_list.append(Econn)
}
// -------
// Climbing Fiber
// -------
// enux = 10000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
enux = 0
objref Exciteconn
objref Esynapse
objref Espikesource // A spike source for our inhibitory synapse
objref ecit_synapses,excit_synapses, ec_list
ecit_synapses = new List()
excit_synapses = new List()
ec_list = new List()
for i=0,84 SmoothDendrite[i] {
ecit_synapses.append(Espikesource = new NetStim(0.5)) // arbitrary location
Espikesource.interval = 1000
/* inter-spike interval of the input (in ms) 1Hz = 1000ms inter-spike
interval
100Hz = 10ms interspike interval
*/
Espikesource.number = enux
Espikesource.start = 0
Espikesource.noise = 0 // =0 periodic input, = 1 Poisson
for j=0,1 {
SmoothDendrite excit_synapses.append(Esynapse = new Exp2Syn(0.5)) /* the location of
synapse on
the compartment */
Esynapse.tau1 = 0.5 // synaptic time constant (ms)
Esynapse.tau2 = 1.2 // synaptic time constant (ms)
Esynapse.e = 0 // synaptic reversal potential (mV)
/* opening time constant of 0.5 ms, a closing time constant of 1.2 ms
and a reversal potential of 0 mV. */
thresh = 10 // not important when connection is from NetStim
delay = 0 // 54000
Eweight = 1 // 0.0062 connection strength in S 0.0000000062 = 6.2nS
Exciteconn = new NetCon(Espikesource, Esynapse, thresh, delay, Eweight)
ec_list.append(Exciteconn)
// setpointer mix_nip(0.5), Esynapse.i
// setpointer mix_cadifl(0.5), Esynapse.i
}
}