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cfg.py 

Simulation configuration 

Contributors: salvadordura@gmail.com
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from netpyne import specs
import numpy as np

cfg = specs.SimConfig()  

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# SIMULATION CONFIGURATION
#
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cfg.checkErrors = True

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# Run parameters
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cfg.duration = 1200 
cfg.dt = 0.05
cfg.seeds = {'conn': 4321, 'stim': 1234, 'loc': 4321} 
cfg.hParams = {'celsius': 34, 'v_init': -80}  
cfg.verbose = 0
cfg.cvode_active = False
cfg.printRunTime = 0.1
cfg.printPopAvgRates = True


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# Recording 
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cfg.recordTraces = {'V_soma': {'sec': 'soma', 'loc': 0.5, 'var': 'v'}}
cfg.recordTraces['V_Bdend1'] = {'sec': 'Bdend1', 'loc': 0.5, 'var': 'v'}
cfg.recordTraces['V_Bdend2'] = {'sec': 'Bdend2', 'loc': 0.5, 'var': 'v'}
cfg.recordCells = ['eee7us', 'eee7ps']
cfg.recordStims = False  
cfg.recordStep = 0.1 


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# Saving
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cfg.simLabel = 'gmax'
cfg.saveFolder = 'batch_data'
cfg.savePickle = False
cfg.saveJson = True
cfg.saveDataInclude = ['simData', 'simConfig', 'netParams', 'net']


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# Analysis and plotting 
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cfg.analysis['plotTraces'] = {'include': ['all'], 'oneFigPer': 'cell', 'saveFig': True, 
                              'showFig': False, 'figSize': (10,8), 'timeRange': [0,cfg.duration]}


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# Parameters
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# Sodium and potassium conductance scaling
cfg.dendNaScale = 1.0 # Scales dendritic Na conductance
cfg.dendKScale  = 1.0 # Scales dendritic K  conductance
cfg.allNaScale  = 1.0 # Scales all Na conductances (overrides dendNaScale if not commented)
cfg.allKScale   = 1.0 # Scales all K  conductances (overrides dendKScale  if not commented)

# DMS NMDA params
cfg.NMDAAlphaScale = 1.0 # Scales original value of 4.0
cfg.NMDABetaScale  = 1.0 # Scales original value of 0.0015
cfg.CdurNMDAScale  = 1.0 # Scales original value of 1.0
cfg.CmaxNMDAScale  = 1.0 # Scales original value of 1.0
cfg.NMDAgmax       = 1.0
cfg.ratioAMPANMDA  = 2.0

# glutamate stim parameters
cfg.glutAmp    = 0.007  # weight supplied to NMDAr and AMPAr
cfg.glutLoc    = 0.3    # fraction of branch, not microns
cfg.glutSpread = 10.0   # microns, diameter of glutamate puff
cfg.glutDelay  = 1.0    # ms/um delay in glutamate activation
cfg.glutDecay  = 10.0   # %/um decrease in glutamate amplitude 
 
# spillover params
cfg.spillDelay    = 10.0 # (ms) time to reach dendritic shaft
cfg.spillFraction = 0.0  # (%)  percent of glutamate weight that reaches shaft


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# NetStim inputs 
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cfg.addNetStim = 1

cfg.NetStim1 = {'pop': ['eee7us'], 'loc': 0.99999, 'sec': 'spineheads', 'synMech': ['NMDA','AMPA'], 'start': 200, 'interval': 1000, 'noise': 0.0, 'number': 1, 'weight': [cfg.glutAmp, cfg.glutAmp], 'delay': cfg.glutDelay}

cfg.NetStim2 = {'pop': ['eee7ps'], 'loc': 0.99999, 'sec': 'spineheads', 'synMech': ['NMDA','AMPA'], 'start': 200, 'interval': 1000, 'noise': 0.0, 'number': 1, 'weight': [cfg.glutAmp, cfg.glutAmp], 'delay': cfg.glutDelay}