back=0
//////// load needed templates////////////
if(!back){ load_file("nrngui.hoc") }
if(!back){ load_file("template/ObliquePath.hoc") }
if(!back){ load_file("template/BasalPath.hoc" ) }
objref econ,f1,f2,f3,ss,cvode
f1= new File()
f2= new File()
f3= new File()
ss=new SaveState()
cvode = new CVode(1)
x=cvode.active(1)
restart=0
v_init=-70
strdef morphology_location, morpho_path, ObliqueTrunkSection, BasalTrunkSection
objref vRP, vAPEX
proc xopen_morphology(){
sprint(morpho_path,"%s/%s",morphology_location,$s1)
xopen(morpho_path)
}
// Carmen
morphology_location = "pc2b"
ObliqueTrunkSection = "trunk[17]"
BasalTrunkSection = "trunk[7]"
xopen_morphology("cell.hoc") //reads morpholofy from the file
xopen_morphology("cell-analysis-simple.hoc") //reads simplified version of CA
// --------------- Creating lists-----------------
xopen("lib/TP-lib.hoc")
Tip_sections(apical_non_trunk_list,apical_trunk_list,"Apical")
objref apical_tip_list
apical_tip_list=TP_list // Apical Tip list
print "apical_tip_list"
apical_tip_list.printnames()
print "END apical_tip_list"
objref tmp_pl[num_tips],pl[num_tips],opl[num_tips],degree_apical_tip,peri_trunk_list
objref bl[num_tips],obl[num_tips],degree_basal_tip
xopen("lib/Oblique-lib.hoc")
oblique_sections(apical_tip_list,apical_trunk_list,num_tips) // apical dendrite path lists and degree of tips
xopen("lib/vector-distance.hoc")
//-----------------------------------------------------------------------------------------------------
printf("Setting up cell\n") // load cell-setup to
xopen("cell_setup_pc2b_control.hoc")
//load_file("atolscalekd.ses") // specify all mechanisms, membrane properties etc
///////////////////Load File//////////////////////
// if(!back) { load_file("w_soma_cap.ses") }
/*cvode_active(1)*/
////// Spike counter//////////
// objref apc, v1
// proc insert_APC() {
// apc = new APCount(0.5)
// apc.thresh = $1
// v1 = new Vector()
// apc.record(v1)
// }
// proc init() {
// if(restart){
// f1.ropen("statekdsoma")
// ss.fread(f1)
// f1.close
// finitialize(v_init)
// ss.restore()
// t=0
// fcurrent()
// cvode.re_init()
// } else {
// finitialize(v_init)
// fcurrent()
// }
// }
////////////////////Main///////////////////
// nsyn=10
// objref s[nsyn], rsyn[nsyn], nc[nsyn]
// objref rsynmda[nsyn], ncnmda[nsyn]
// objref rect,recv,reci,savv,savi,savt
// objref tvec,ampvec,iclamp
// objref savtotcurr, savtotna16a, savtottrpm4, totcurr, totna16a, tottrpm4
// strdef cmd
// i=0
// forall{
// for(x){
// sprint(cmd,"%s%d","objref totcurrentpart",i)
// execute(cmd)
// if(ismembrane("ican")){
// sprint(cmd,"%s%d","objref tottrpm4apart",i)
// execute(cmd)
// }
// if(ismembrane("na16a")){
// sprint(cmd,"%s%d","objref totna16apart",i)
// execute(cmd)
// }
// i=i+1
// }
// }
// proc main(){
// recv =new Vector()
// rect =new Vector()
// reci =new Vector()
// i=0
// forall{
// for(x){
// sprint(cmd,"%s%d%s","totcurrentpart",i,"=new Vector()")
// execute(cmd)
// if(ismembrane("ican")){
// sprint(cmd,"%s%d%s","tottrpm4apart",i,"=new Vector()")
// execute(cmd)
// }
// if(ismembrane("na16a")){
// sprint(cmd,"%s%d%s","totna16apart",i,"=new Vector()")
// execute(cmd)
// }
// i=i+1
// }
// }
// //tol=cvode.atolscale(&soma.v(0.5),1e-5)
// period=95.75
// phase0=67.8234
// dur=3
// amp2=0.0
// tstop= 16000
// in=0
// th=-14
// access soma
// insert_APC(th)
// f3.wopen("spike.dat")
// current=0.0 // 0.18
// del=50
// npulse = 10
// pulsdur = 1000
// pulsamp = 0.36
// starttime = 13000
// curbase = 0.09
// soma {
// iclamp = new IClamp( 0.5 )
// tvec = new Vector(5 )
// ampvec = new Vector(5 )
// }
// iclamp.del = 0
// iclamp.dur = 1e9
// tvec.x[0 ] = 0
// tvec.x[1 ] = starttime
// tvec.x[2 ] = starttime + pulsdur
// tvec.x[3 ] = starttime + 2*pulsdur
// tvec.x[4 ] = tstop
// ampvec.x[0 ] = curbase
// ampvec.x[1 ] = curbase
// ampvec.x[2 ] = curbase + pulsamp
// ampvec.x[3 ] = curbase
// ampvec.x[4 ] = curbase
// ampvec.play(&iclamp.amp,tvec,1)
// access soma[0]
// recv.record(&v(0.5))
// rect.record(&t)
// reci.record(&iclamp.i)
// i=0
// forall{
// for(x){
// sprint(cmd,"%s%d%s%s%s%f%s","totcurrentpart",i,".record(&",secname(),".i_cap(",x,"))")
// execute(cmd)
// if(ismembrane("ican")){
// sprint(cmd,"%s%d%s%s%s%f%s","tottrpm4apart",i,".record(&",secname(),".itrpm4_ican(",x,"))")
// execute(cmd)
// }
// if(ismembrane("na16a")){
// sprint(cmd,"%s%d%s%s%s%f%s","totna16apart",i,".record(&",secname(),".ina_na16a(",x,"))")
// execute(cmd)
// }
// i=i+1
// }
// }
// //////////////run////////////////////////
// run()
// /////////////////////////////////////
// savv= new File()
// savt= new File()
// savi = new File()
// savv.wopen("v.txt")
// savt.wopen("time.txt")
// savi.wopen("i.txt")
// recv.printf(savv)
// rect.printf(savt)
// reci.printf(savi)
// savv.close
// savt.close
// savi.close
// totcurr=new Vector(rect.size())
// totna16a=new Vector(rect.size())
// tottrpm4=new Vector(rect.size())
// i=0
// forall{
// for(x){
// sprint(cmd,"%s%d%s%f%s","totcurrentpart",i,".mul(area(",x,")*1e-8)")
// execute(cmd)
// sprint(cmd,"%s%d%s","totcurr.add(totcurrentpart",i,")")
// execute(cmd)
// if(ismembrane("ican")){
// sprint(cmd,"%s%d%s%f%s","tottrpm4apart",i,".mul(area(",x,")*1e-8)")
// execute(cmd)
// sprint(cmd,"%s%d%s","tottrpm4.add(tottrpm4apart",i,")")
// execute(cmd)
// }
// if(ismembrane("na16a")){
// sprint(cmd,"%s%d%s%f%s","totna16apart",i,".mul(area(",x,")*1e-8)")
// execute(cmd)
// sprint(cmd,"%s%d%s","totna16a.add(totna16apart",i,")")
// execute(cmd)
// }
// i=i+1
// }
// }
// savtotcurr= new File()
// savtotna16a= new File()
// savtottrpm4 = new File()
// savtotcurr.wopen("totcurr.txt")
// savtotna16a.wopen("totna16a.txt")
// savtottrpm4.wopen("tottrpm4.txt")
// totcurr.printf(savtotcurr)
// totna16a.printf(savtotna16a)
// tottrpm4.printf(savtottrpm4)
// savtotcurr.close
// savtotna16a.close
// savtottrpm4.close
// // print the spike number
// if(!back) printf("\n Current: %.4f nA | # Spikes: %d\n", current, apc.n)
// if(!back) printf("___________________\n")
// v1.printf(f3)
// f3.close
// f2.wopen("state.new")
// ss.save
// ss.fwrite(f2)
// f2.close
// }
// main()
/******** end file ******/