function PyrPlotLines(filename)
% Called by PyrPlotSimpleComplete.m
% Plots cell model outline on threshold map for reference
switch filename
case 'filemat9.dat'
title('Layer II Broad');
%Shifts the cell model to align with the stimulation threshold map.
xshift = 250+25;
yshift = 1625+25;
plot(0+xshift, 5+yshift, 'k.', 'MarkerSize', 10)
line([ 0+xshift 25+xshift], [ 10+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 45+xshift], [ -25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -25+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift -50+xshift], [ -50+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -50+xshift -75+xshift], [ -25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -75+xshift -125+xshift], [ 25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -50+xshift -25+xshift], [ -25+yshift 75+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 100+xshift], [ -50+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 375+xshift], [ -50+yshift -75+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -50+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift -50+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 700+xshift], [ -150+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 700+xshift 750+xshift], [ -100+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 700+xshift 900+xshift], [ -100+yshift -125+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 900+xshift 975+xshift], [ -125+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 900+xshift 950+xshift], [ -125+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -150+yshift -225+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 150+xshift], [ -225+yshift -275+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -225+yshift -525+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -525+yshift -700+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 100+xshift], [ -700+yshift -700+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -700+yshift -775+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 950+xshift], [ -525+yshift -525+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 950+xshift 1000+xshift], [ -525+yshift -600+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1000+xshift 975+xshift], [ -600+yshift -650+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1000+xshift 1200+xshift], [ -600+yshift -700+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 950+xshift 1050+xshift], [ -525+yshift -525+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1050+xshift 1300+xshift], [ -525+yshift -575+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1050+xshift 1575+xshift], [ -525+yshift -525+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1575+xshift 1575+xshift], [ -525+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1575+xshift 1525+xshift], [ -400+yshift -350+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1525+xshift 1550+xshift], [ -350+yshift -300+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1575+xshift 1625+xshift], [ -400+yshift -350+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1625+xshift 1650+xshift], [ -350+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1575+xshift 1700+xshift], [ -525+yshift -525+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1700+xshift 2000+xshift], [ -525+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1575+xshift 1675+xshift], [ -525+yshift -600+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1675+xshift 1825+xshift], [ -600+yshift -600+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 1825+xshift 1825+xshift], [ -600+yshift -350+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 75+xshift], [ -775+yshift -950+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 50+xshift], [ -950+yshift -1050+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ -1050+yshift -1500+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
case 'filemat9 - Sym.dat'
title('Layer II Broad - Sym');
xshift = 250+25;
yshift = 1625+25;
plot(0+xshift, 5+yshift, 'k.', 'MarkerSize', 10)
line([ 0+xshift 25+xshift], [ 10+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 45+xshift], [ -25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -25+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 100+xshift], [ -50+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 375+xshift], [ -50+yshift -75+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift -50+xshift], [ -50+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -50+xshift -25+xshift], [ -25+yshift 75+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -50+xshift -75+xshift], [ -25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -75+xshift -125+xshift], [ 25+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -50+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift -50+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -150+yshift -225+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 150+xshift], [ -225+yshift -275+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -225+yshift -700+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 100+xshift], [ -700+yshift -700+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 25+xshift], [ -700+yshift -775+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 25+xshift 75+xshift], [ -775+yshift -950+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 50+xshift], [ -950+yshift -1050+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ -1050+yshift -1500+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
case 'filemat10.dat'
title('Layer III Intermediate');
xshift = 750+25;
yshift = 1750+25;
plot(0+xshift, 5+yshift, 'k.', 'MarkerSize', 10);
line([ 0+xshift 0+xshift], [ 10+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 225+xshift], [ -100+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 300+xshift], [ -50+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 100+xshift], [ -50+yshift 50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 225+xshift], [ -50+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 50+xshift], [ 0+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ 0+yshift 100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -75+xshift], [ 100+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -200+xshift], [ -100+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -200+xshift -200+xshift], [ -200+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -200+xshift -375+xshift], [ -200+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -375+xshift], [ -200+yshift -250+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -500+xshift], [ -200+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -450+xshift], [ -200+yshift -125+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -450+xshift -450+xshift], [ -125+yshift 125+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 0+xshift], [ -100+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 50+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 500+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 500+xshift 750+xshift], [ -150+yshift 50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 500+xshift 900+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 75+xshift], [ -150+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 250+xshift], [ -100+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 250+xshift 200+xshift], [ 150+yshift 200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 250+xshift 300+xshift], [ 150+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 200+xshift], [ -100+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 200+xshift 50+xshift], [ 25+yshift 100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ 100+yshift 225+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift -75+xshift], [ 100+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -75+xshift -150+xshift], [ 150+yshift 100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -75+xshift -300+xshift], [ 150+yshift 200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -300+xshift -400+xshift], [ 200+yshift 250+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 0+xshift], [ -150+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -150+xshift], [ -400+yshift -325+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -150+xshift -300+xshift], [ -325+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -150+xshift -250+xshift], [ -325+yshift -300+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 50+xshift], [ -400+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 100+xshift], [ -400+yshift -350+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 200+xshift], [ -400+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 75+xshift], [ -400+yshift -450+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 150+xshift], [ -450+yshift -425+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 0+xshift], [ -400+yshift -625+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -50+xshift], [ -625+yshift -625+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 0+xshift], [ -625+yshift -750+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 50+xshift], [ -400+yshift -425+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift -100+xshift], [ -425+yshift -475+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ -425+yshift -600+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 100+xshift], [ -425+yshift -475+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 100+xshift -100+xshift], [ -475+yshift -650+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 100+xshift 150+xshift], [ -475+yshift -500+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 100+xshift 400+xshift], [ -475+yshift -475+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 400+xshift 550+xshift], [ -475+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 400+xshift 500+xshift], [ -475+yshift -500+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -175+xshift], [ -400+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -175+xshift -175+xshift], [ -400+yshift -575+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -175+xshift -325+xshift], [ -400+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -625+xshift], [ -400+yshift -400+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -325+xshift], [ -400+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -300+xshift], [ -50+yshift -25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -300+xshift -300+xshift], [ -25+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -300+xshift -200+xshift], [ -25+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -325+xshift], [ -50+yshift 75+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -375+xshift], [ 75+yshift 175+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -325+xshift], [ 75+yshift 325+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -325+xshift], [ 325+yshift 350+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -325+xshift -75+xshift], [ 325+yshift 325+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -50+xshift], [ -750+yshift -1000+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -50+xshift -25+xshift], [ -1000+yshift -1200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -25+xshift 75+xshift], [ -1200+yshift -1750+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 25+xshift], [ -1750+yshift -2000+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
case 'filemat10 - Sym.dat'
title('Layer III Intermediate - Sym');
xshift = 625+25;
yshift = 2000+25;
plot(0+xshift, 5+yshift, 'k.', 'MarkerSize', 10);
line([ 0+xshift 0+xshift], [ 10+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 225+xshift], [ -100+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 300+xshift], [ -50+yshift -50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 100+xshift], [ -50+yshift 50+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 225+xshift], [ -50+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 225+xshift 50+xshift], [ 0+yshift 0+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 0+xshift], [ 0+yshift 100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -75+xshift], [ 100+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift -200+xshift], [ -100+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -200+xshift -200+xshift], [ -200+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -200+xshift -375+xshift], [ -200+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -375+xshift], [ -200+yshift -250+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -500+xshift], [ -200+yshift -200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -375+xshift -450+xshift], [ -200+yshift -125+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ -450+xshift -450+xshift], [ -125+yshift 125+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 0+xshift], [ -100+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 0+xshift 50+xshift], [ -150+yshift -150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 50+xshift 75+xshift], [ -150+yshift -100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 250+xshift], [ -100+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 250+xshift 200+xshift], [ 150+yshift 200+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 250+xshift 300+xshift], [ 150+yshift 150+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 75+xshift 200+xshift], [ -100+yshift 25+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
line([ 200+xshift 50+xshift], [ 25+yshift 100+yshift], [0 0], 'LineWidth', 2, 'Color', 'k')
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case 'filemat13.dat'
title('Layer IV Narrow')
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case 'filemat13 - Sym.dat'
title('Layer IV Narrow - Sym')
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case 'filemat14.dat'
title('Layer V Intermediate')
xshift = 1225+25;
yshift = 700+25;
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case 'filemat14 - Sym.dat'
title('Layer V Intermediate - Sym')
xshift = 325+25;
yshift = 1025+25;
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case 'filemat15.dat'
title('Layer VI Narrow')
xshift = 800+25-16;
yshift = 325+25-8;
plot(0+xshift, 5+yshift, 'k.', 'MarkerSize', 10);
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