########################################################################## # Simple model of circadian clock with SNF structure # Generated: 12-Sep-2012 00:39:32 # Generated by Jae Kyoung Kim and Daniel Forger by using SBtoolbox2 # This file can be used by XPPAUT for simulation and # bifurcation analysis. ########################################################################## ######################################################## # DIFFERENTIAL EQUATIONS ######################################################## M'=ao*(A-P-Kd+((A-P-Kd)^2+4*A*Kd)^0.5)/(2*A)-bo*M Pc'=at*M-bt*Pc P'=ah*Pc-bh*P ######################################################## # PARAMETERS ######################################################## param ao=1 param at=1 param ah=1 param bo=1 param bt=1 param bh=1 param A=0.0659 param Kd=1e-05 ######################################################## # FUNCTIONS ######################################################## power(x,y)=x^y ######################################################## # INITIAL CONDITIONS ######################################################## M(0)=0.1 Pc(0)=0.1 P(0)=0.1 ######################################################## # INTEGRATOR SETTINGS AND DONE ######################################################## @ method=stiff @ bounds=100000 @ maxstor=20000 done