(* Content-type: application/vnd.wolfram.mathematica *)
(*** Wolfram Notebook File ***)
(* http://www.wolfram.com/nb *)
(* CreatedBy='Mathematica 8.0' *)
(*CacheID: 234*)
(* Internal cache information:
NotebookFileLineBreakTest
NotebookFileLineBreakTest
NotebookDataPosition[ 157, 7]
NotebookDataLength[ 395985, 10101]
NotebookOptionsPosition[ 394467, 10054]
NotebookOutlinePosition[ 394879, 10072]
CellTagsIndexPosition[ 394836, 10069]
WindowFrame->Normal*)
(* Beginning of Notebook Content *)
Notebook[{
Cell[BoxData[{
RowBox[{
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{
"Systems", " ", "Pharmacology", " ", "Model", " ", "of", " ", "Mammalian",
" ", "Circadian", " ", "Clock", " ", "Including", " ", "PF"}], "-",
"670462"}], "Title"], " "}], "\[IndentingNewLine]",
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Jae", " ", "Kyoung", " ", "Kim"}], ",",
RowBox[{"Daniel", " ", "B", " ", "Forger"}], ",",
RowBox[{"Michael", " ", "Marconi"}], ",",
RowBox[{"Douglas", " ", "Wood"}], ",",
RowBox[{"Angela", " ", "Doran"}], ",",
RowBox[{"Travis", " ", "Wager"}], ",",
RowBox[{
"Cheng", " ", "Chang", " ", "and", " ", "Kevin", " ", "M", " ",
"Walton"}]}], "Subtitle"]}], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5316682093857937`*^9, 3.531668309925372*^9}, {
3.56613373260361*^9, 3.566133758438279*^9}, {3.566174303683866*^9,
3.5661743067761717`*^9}, {3.5722236385900593`*^9, 3.5722236691154633`*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
"This", " ", "model", " ", "is", " ", "developed", " ", "in", " ", "Jae",
" ", "\!\(\*\"\\\"\"\)\!\(\*\"Modeling\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"and\"\)\!\
\(\*\" \"\)\!\(\*\"validating\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"chronic\"\)\!\(\*\" \
\"\)\!\(\*\"pharmacological\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"manipulation\"\)\!\(\*\" \
\"\)\!\(\*\"of\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"circadian\"\)\!\(\*\" \
\"\)\!\(\*\"rhythms\"\)\!\(\*\"\\\"\"\)",
RowBox[{"CPT", ":", "Pharmacometrics"}]}], "&"}], " ", "Systems", " ",
"Pharmacology", " ",
RowBox[{
RowBox[{"(", "2013", ")"}], "."}]}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566133862197897*^9, 3.5661339566873198`*^9}, {
3.566133994388998*^9, 3.566133995775276*^9}, {3.566134564703212*^9,
3.566134566898576*^9}, {3.572223694416048*^9, 3.572223766215448*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
"This", " ", "model", " ", "is", " ", "extended", " ", "based", " ", "on",
" ", "the", " ", "Kim", " ", "and", " ", "Forger", " ", "model", " ",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Kim", " ", "&"}], " ", "Forger"}], ",", " ",
RowBox[{"MSB", " ",
RowBox[{"(", "2012", ")"}]}]}], ")"}], ".", " "}]}],
"Subsection"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5722237390752707`*^9, 3.57222377737593*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{"Initial", " ", "Conditions"}], "Subtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5316661826047163`*^9, 3.5316661842246847`*^9},
3.531668140470046*^9, {3.5432337253436193`*^9, 3.543233725715186*^9},
3.572223755532198*^9}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{"(*",
RowBox[{
RowBox[{
"Initial", " ", "Condition", " ", "for", " ", "the", " ", "multi"}], "-",
RowBox[{"state", " ", "variable", " ",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[",
"m", "]"}], "[", "n", "]"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Init1", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.3420612363991834`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "8.179771245758342`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "50.57941320972072`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "3.084858510765489`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0985802410460628`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "1.3084555441370038`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "41.165766704888945`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.015608382491794207`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "8.720885301950966`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "46.57213430901654`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0031953005375601647`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "1.36799289498887`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.42289800101916825`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "1.0925402835728917`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0018172208474570813`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000051969832456607834`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.005122234469530184`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.1065745913827944`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0008330734700784042`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0566635532527744`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0032917376286310976`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000014996030154730353`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.005431344430745013`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.08769094840691996`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0003337441556398164`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.05489271181066792`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0034854600146215606`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00001543121168014226`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.005104574272816484`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.09387578379334667`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0003536110985068703`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.053591842109765024`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.9143646209767509`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.6640388319296585`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.02261620526647949`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.024153127001179508`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.003566426542717158`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000019446948491991687`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0009593633157572193`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.25844220368442533`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0009853861095753967`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.024999109498991166`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0001571030498997009`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000011241988156917215`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0013233693432189286`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.010591367829307969`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00023061993448538233`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.025310956921162836`", "}"}]}], "}"}]}],
"}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.003906943572357614`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000013488201348952268`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0008093091845965769`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.124712274740282`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0004168131259404268`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.014891880773138683`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00018883274230441384`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "1.7997916251845195`*^-6", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0010929293853399464`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.005847694864620672`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00004358370050515716`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.01661068549366629`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0042845356189285195`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000014771592378319274`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0008613198533091311`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.1376958595595994`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00045981124781785865`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.01603487525209985`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00020679957949088886`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "1.9401844427852306`*^-6", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0011515995567390796`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.006446263165149906`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00004763488605319544`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.01770213916985296`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.005698064997206092`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00019083191864807688`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.05668344375489035`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.028756909151433502`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00041383171976532257`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.04946506549670688`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0041450474340475356`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0003862225731469661`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.12446417224048362`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0074079613548572055`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0006543776273979713`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.10408853180005757`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.006669740144184649`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00002542209112423298`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.004845243944628116`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0828541248216783`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0002945640707027717`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.032357261166932494`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0012141988050762562`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000011508013921347713`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.009768583317773775`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.008747399124363007`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00007984935519557792`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.06078778560702874`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.007063852050803612`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00002642920327460206`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.004422509243751679`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.08527034138444498`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00030090634602644245`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.030114250838098423`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0013264050530040427`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000011249707819832738`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.00878990944810083`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.009150500594118106`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00007786053056329725`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.05558596503417361`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0007928248680611883`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000025780353419672163`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0033458239867342923`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0274124885839697`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00038549841376936617`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.05899370416043617`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0001255123171657433`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00004997690057380442`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.007351856000655174`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.005502328645107724`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0006319867772882921`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.12768021452441894`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0025210125949368953`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.000010077905400078566`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.0024810297377193245`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.05812325888303372`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00020742923534716493`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.023913749818730998`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00030530718232012633`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "4.902173374599667`*^-6", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.005219487814016039`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.007539434826295608`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00006395851528373895`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.04714353907964912`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0025977211835363366`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00001017089395981654`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.002248072566075126`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.060247906870995155`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00021344857807776635`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.022578312737100606`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.0003200670130454894`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "4.603722758559816`*^-6", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.004701002286841585`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.007971833585551605`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{", "0.00006352606272272561`", "}"}], ",",
RowBox[{"{", "0.04407940585392828`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}],
"}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
RowBox[{
"Initial", " ", "Condition", " ", "for", " ", "the", " ", "single"}],
"-",
RowBox[{"state", " ", "variable"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"Init2", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
"0.21004770358705036`", ",", "0.7879547112081645`", ",",
"1.1383721663365372`", ",", "3.760854376307055`", ",",
"1.095465622771389`", ",", "12.37354665811613`", ",",
"4.470535676137161`", ",", "4.189465465043962`", ",",
"0.5791077386453771`", ",", "8.349625799238817`", ",",
"1.4116789475658296`", ",", "35.184199298572295`", ",",
"8.56043138049844`", ",", "23.77410578150899`", ",",
"0.5893077833141493`", ",", "0.40424721668584945`", ",",
"48.09767559849965`", ",", "31.869023309234613`", ",",
"161.14372712932516`", ",", "123.95046120625604`", ",",
"467.84444843738225`", ",", "0.1932885142503498`", ",",
"58.23913168018502`", ",", "0.03971373557862615`", ",",
"19.06619007243528`", ",", "0.5999649539384736`", ",",
"0.39359004606153003`", ",", "0", ",", "0.11012045498612394`", ",",
"67.61745646537098`", ",", "0", ",", "0", ",", "6.5815025579914295`",
",", "0.4162165798701546`", ",", "0.5585648324701572`", ",", "0.`",
",", "0.25595982171319526`", ",", "0.5203673130406197`", ",",
"0.19388642676798773`", ",", "0.8044041532454284`"}], "}"}]}], ";"}],
"\n"}]}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.531651170310773*^9, 3.531651234319051*^9}, {
3.5316660752579727`*^9, 3.53166608034619*^9}, {3.5316661801568747`*^9,
3.531666216016047*^9}, {3.5661372044075537`*^9, 3.566137234957316*^9}}],
Cell[BoxData[{
StyleBox["Parameters", "Subtitle"], "\[IndentingNewLine]",
StyleBox[
RowBox[{"Original", " ", "Model", " ", "Prameters"}],
"Subsubtitle"]}], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566134056805214*^9, 3.566134067968223*^9}}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Transcription", " ", "Rate"}], "*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"trPo", "=", "25.9201"}], ";",
RowBox[{"trPt", "=", "44.854`"}], ";",
RowBox[{"trRo", "=", "23.0747`"}], ";",
RowBox[{"trRt", "=", "39.9409`"}], ";",
RowBox[{"trB", "=", "46.1038`"}], ";",
RowBox[{"trRev", "=", "102.92299999999999`"}], ";",
RowBox[{"trNp", "=", "0.3297485941817571`"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]", "\n",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Translation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"tlp", "=", "1.81031"}], ";",
RowBox[{"tlr", "=", "5.03882"}], ";",
RowBox[{"tlb", "=", "0.530436"}], ";",
RowBox[{"tlrev", "=", "8.90744"}], ";",
RowBox[{"tlc", "=", "4.645890"}], ";",
RowBox[{"tlnp", "=", "1.25099"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}], " ", "Rate", " ", "between", " ",
"Proteins"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"agp", "=", "1.3962`"}], ";",
RowBox[{"dg", "=", "2.93521`"}], ";",
RowBox[{"ac", "=", "0.0456572`"}], ";",
RowBox[{"dc", "=", "0.108072`"}], ";",
RowBox[{"ar", "=", "0.0235285`"}], ";",
RowBox[{"dr", "=", "0.605268`"}], ";",
RowBox[{"cbin", "=", "0.0454894`"}], ";",
RowBox[{"uncbin", "=", "7.27215`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"bbin", "=", "6.92686`"}], ";",
RowBox[{"unbbin", "=", "0.130196`"}], ";",
RowBox[{"cbbin", "=", "6.59924`"}], ";",
RowBox[{"uncbbin", "=", "0.304176`"}], ";",
RowBox[{"ag", "=", "0.162392"}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}], " ", "Rate", " ", "on", " ",
"Promoters"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"bin", "=", "6.97166`"}], ";",
RowBox[{"unbin", "=", "0.255032`"}], ";",
RowBox[{"binrev", "=", "0.0120525`"}], ";",
RowBox[{"unbinrev", "=", "10.9741`"}], ";",
RowBox[{"binr", "=", "6.15445`"}], ";",
RowBox[{"unbinr", "=", "2.91009`"}], ";",
RowBox[{"binc", "=", "0.280863`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"unbinc", "=", "0.00886752`"}], ";",
RowBox[{"binrevb", "=", "0.00626588`"}], ";",
RowBox[{"unbinrevb", "=", "5.30559`"}], ";"}], "\n",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Translocation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "=", "0.16426`"}], ";",
RowBox[{"tmcrev", "=", "9.2631`"}], ";",
RowBox[{"nl", "=", "0.643086`"}], ";",
RowBox[{"ne", "=", "0.0269078`"}], ";",
RowBox[{"nlrev", "=", "9.63702`"}], ";",
RowBox[{"nerev", "=", "0.0152514`"}], ";",
RowBox[{"lne", "=", "0.594609`"}], ";",
RowBox[{"nlbc", "=", "5.26501`"}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Phosphorylation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"hoo", "=", "0.527453`"}], ";",
RowBox[{"hto", "=", "2.45584`"}], ";",
RowBox[{"phos", "=", "0.291429`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\n",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Light", " ", "Effet"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"lono", "=", "0.205813"}], ";",
RowBox[{"lont", "=", "0.396392"}], ";",
RowBox[{"ltI", "=", "300"}], ";",
RowBox[{"lta", "=",
RowBox[{"0.693695`", "*",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"ltI", "/", "9500"}], ")"}], "^", "0.0451246`"}]}]}], ";",
RowBox[{"ltb", "=", "0.013"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"GSK3b", " ", "Activity"}], "*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"trgto", "=", "0.644602`"}], ";",
RowBox[{"ugto", "=", "0.0625777`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Ratio", " ", "beteeen", " ", "Cytoplasm", " ", "and", " ", "Nucleus"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"Nf", "=", "3.35063`"}], ";"}], "\n", "\n", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Degradation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"up", "=", "3.537`"}], ";",
RowBox[{"uro", "=", "0.17491`"}], ";",
RowBox[{"urt", "=", "0.481895`"}], ";",
RowBox[{"umNp", "=", "0.369493`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"umPo", "=", "0.76696222`"}], ";",
RowBox[{"umPt", "=", "0.58891980`"}], ";",
RowBox[{"umRo", "=", "0.40342526000000006`"}], ";",
RowBox[{"umRt", "=", "0.45554418`"}], ";",
RowBox[{"ub", "=", "0.018800209999999998`"}], ";",
RowBox[{"uc", "=", "0.025165115999999998`"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"ubc", "=", "0.34882936000000003`"}], ";",
RowBox[{"upu", "=", "0.0700322`"}], ";",
RowBox[{"urev", "=", "1.6487614725107194`"}], ";",
RowBox[{"uprev", "=", "0.5173026723236928`"}], ";",
RowBox[{"umB", "=", "0.7954019999999999`"}], ";",
RowBox[{"umRev", "=", "1.510194`"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]"}]}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.531651259026125*^9, 3.531651327976585*^9}, {
3.531651413810953*^9, 3.5316514593928833`*^9}, {3.53165374463516*^9,
3.531653834641397*^9}, {3.531665800410345*^9, 3.531665807570601*^9}, {
3.531666199574057*^9, 3.5316662017200727`*^9}, {3.5317563239298353`*^9,
3.5317563737710238`*^9}, 3.5317564118872766`*^9, {3.5317564435289507`*^9,
3.5317564444561462`*^9}, {3.5317564868701363`*^9,
3.5317565653516693`*^9}, {3.531756636041912*^9, 3.5317567285527697`*^9}, {
3.531756763763942*^9, 3.531756818827443*^9}, {3.531756849295059*^9,
3.531757052424533*^9}, 3.5317571088552113`*^9, {3.531757142393559*^9,
3.5317572371568604`*^9}, {3.531761778140252*^9, 3.531761793850124*^9}, {
3.5317619705618467`*^9, 3.531761977455779*^9}, {3.5317650226729937`*^9,
3.531765027603498*^9}, {3.531765156750782*^9, 3.531765158693611*^9},
3.531939801248106*^9, {3.531952936081143*^9, 3.531952983816248*^9}, {
3.531953031305662*^9, 3.531953037249586*^9}, 3.5547368122377367`*^9, {
3.5547368635713987`*^9, 3.554736877699341*^9}, 3.566156127026873*^9, {
3.5661735869740133`*^9, 3.566173592621551*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Newly", " ", "Added", " ", "Prameters", " ", "for", " ", "PF"}],
"-", "670462"}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566134084975582*^9, 3.5661340873661737`*^9}, {
3.566174351175856*^9, 3.5661743546557837`*^9}}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Initial", " ", "free", " ", "plasma", " ", "concentration", " ", "of",
" ", "CK1", " ", "inhibitor", " ",
RowBox[{"(",
RowBox[{"32", "mpk"}], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"prodi", "=", "2562.61"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "plasma", " ", "to", " ",
"brain", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"nlpin", "=", "6.32905"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "brain", " ", "to", " ",
"plasma", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"nepin", "=", "15.3532`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "brain", " ", "to", " ",
"cell", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"nlbin", "=", "0.485643`"}], ";"}], "\n",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "cell", " ", "to", " ",
"brain", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"nebin", "=", "19.1976`"}], ";"}], "\n",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Nuclear", " ", "localization", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for",
" ", "CKI", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"nlin", "=", "0.533183`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Nuclear", " ", "export", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ",
"CKI", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"nein", "=", "0.192038`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Nuclear", " ", "export", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ",
"CKI", " ", "and", " ", "CKI", " ", "inhibitor", " ", "complex"}],
"*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"lnei", "=", "0.0472142`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Binding", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ",
"inhibitor", " ", "to", " ", "CKI"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"inbin", "=", "0.42118`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Unbinding", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ",
"inhibitor", " ", "to", " ", "CKI"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"inubin", "=", "3.38008`"}], ";"}], "\n",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Clearance", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "free", " ",
"CKI", " ", "inhibitor", " ", "in", " ", "blood", " ", "plasma"}],
"*)"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"uinp", "=", "1.6529873382775981`"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]"}]}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5661341714540052`*^9, 3.5661342038122063`*^9}, {
3.5661342632589197`*^9, 3.566134433159754*^9}, {3.566134471305431*^9,
3.566134614163261*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{"Equations", " "}], "Subtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.531666126996792*^9, 3.531666165552907*^9}, {
3.5316673330233717`*^9, 3.531667337665584*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Single"}], "-",
RowBox[{
"state", " ", "Variables", " ", "when", " ", "light", " ", "is", " ",
"on"}]}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566135290174507*^9, 3.566135298567011*^9}, {
3.566135341901145*^9, 3.566135345802758*^9}, {3.566138780786001*^9,
3.5661387831054983`*^9}, {3.566173506808961*^9, 3.566173511829565*^9}, {
3.572223911086116*^9, 3.572223911486277*^9}}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"laone", "=",
RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Original", " ", "model", " ", "equations"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"E", "-",
RowBox[{"box", " ", "activity"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"bin", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbin", "*",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"bin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbin", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binr", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinr", "*",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binr", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinr", "*",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binc", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinc", "*",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinc", "*",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"RORE", " ", "activity"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binrev", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"unbinrev", "*",
RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "binrev"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"unbinrev", "*",
RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binrevb", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"unbinrevb", "*",
RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "binrevb"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"unbinrevb", "*",
RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*", "Transcription", "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trPo", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPo", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"lono", "*", "19.9", "*", "lta", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPo"}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPo", "*",
RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trPt", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPt", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"lont", "*", "19.9", "*", "lta", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPt"}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPt", "*",
RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRt", "*",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRt", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRt", "*",
RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRev", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmcrev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmcrev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRev", "*",
RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRo", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRo", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRo", "*",
RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trB", "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umB", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umB", "*",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trNp", "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umNp", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umNp", "*",
RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Secondary", " ", "Feedback", " ", "Loop"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"B", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlb", "*",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ub", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlnp", "*",
RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}], "+", "tlc", "-",
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"uc", "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"BC", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"phos", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ubc", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlrev", "*",
RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"nlrev", "+", "urev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ag", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"nerev", "+", "urev"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], ")"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"ag", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nlrev"}], ")"}],
"*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revng", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nerev"}], ")"}],
"*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Activity", " ", "of", " ", "GSK3b"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trgto", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ugto", "*",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*", "Light", "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"60", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"lta", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"ltb", "*",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}]}], ")"}]}]}], ",",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "equations"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Blood", " ", "Plsma", " ", "Concentration"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"uinp", "+", "nlpin"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nepin", "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Brain", " ", "Tissue", " ", "Concentration"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"nlbin", "+", "nepin"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlpin", "*",
RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nebin", "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Cytoplasm", " ", "Concentration"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{"nlbin", "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"nebin", "+", "nlin"}], ")"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nein", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}],
")"}], "+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}], ",",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Nucleus", " ", "Concentration"}], "*)"}],
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", "nlin"}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(", "nein", ")"}], "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}]}],
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "}"}]}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]"}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566138785433442*^9, 3.566138853703446*^9},
3.566173500816382*^9}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Single"}], "-",
RowBox[{
"state", " ", "Variables", " ", "when", " ", "light", " ", "is", " ",
"off"}]}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5661735221458197`*^9, 3.566173522592857*^9}, {
3.572223906394858*^9, 3.572223906792968*^9}}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"daone", "=",
RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Original", " ", "model", " ", "equations"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"E", "-",
RowBox[{"box", " ", "activity"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"bin", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbin", "*",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"bin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbin", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binr", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinr", "*",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binr", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinr", "*",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binc", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinc", "*",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-",
RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-",
RowBox[{"unbinc", "*",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"RORE", " ", "activity"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binrev", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"unbinrev", "*",
RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "binrev"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"unbinrev", "*",
RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"binrevb", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"unbinrevb", "*",
RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "binrevb"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"unbinrevb", "*",
RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*", "Transcription", "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trPo", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPo", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"0", "*", "lono", "*", "19.9", "*", "lta", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPo"}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPo", "*",
RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trPt", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPt", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"0", "*", "lont", "*", "19.9", "*", "lta", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"1", "-",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPt"}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umPt", "*",
RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRt", "*",
RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRt", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRt", "*",
RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRev", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmcrev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmcrev", "*",
RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRev", "*",
RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trRo", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRo", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umRo", "*",
RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trB", "*",
RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umB", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umB", "*",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trNp", "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umNp", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tmc", "*",
RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"umNp", "*",
RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Secondary", " ", "Feedback", " ", "Loop"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"B", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlb", "*",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ub", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlnp", "*",
RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}], "+", "tlc", "-",
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"uc", "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"BC", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"cbin", "*",
RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"uncbin", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"phos", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ubc", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"tlrev", "*",
RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"nlrev", "+", "urev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ag", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"nerev", "+", "urev"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], ")"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"ag", "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nlrev"}], ")"}],
"*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revng", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}],
"[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nerev"}], ")"}],
"*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nerev", "*",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"(",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*",
RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlrev", "*",
RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Activity", " ", "of", " ", "GSK3b"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"gto", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"trgto", "*",
RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"ugto", "*",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*", "Light", "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"-", "ltb"}], "*",
RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "equations"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Blood", " ", "Plsma", " ", "Concentration"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"uinp", "+", "nlpin"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nepin", "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Brain", " ", "Tissue", " ", "Concentration"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"nlbin", "+", "nepin"}], ")"}]}], "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nlpin", "*",
RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nebin", "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Cytoplasm", " ", "Concentration"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{"nlbin", "*",
RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"nebin", "+", "nlin"}], ")"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"nein", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}],
")"}], "+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}], ",",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Free", " ", "Nucleus", " ", "Concentration"}], "*)"}],
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", "nlin"}], "-",
RowBox[{
RowBox[{"(", "nein", ")"}], "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "-",
RowBox[{"(",
RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}]}],
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "}"}]}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]"}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566138785433442*^9, 3.566138853703446*^9}, {
3.566144139267209*^9, 3.5661441404979486`*^9}, {3.5661441958093777`*^9,
3.566144210714425*^9}, 3.566150525848299*^9, {3.566152499137088*^9,
3.566152529858076*^9}, 3.566154525235327*^9}],
Cell[BoxData[
RowBox[{"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Multi"}], "-",
RowBox[{"state", " ", "Variables"}]}], "Subsubtitle"],
"\[IndentingNewLine]",
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Detailed", " ", "description", " ", "of", " ", "multi"}],
"-",
RowBox[{"state", " ", "variables", " ",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}],
"[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "can", " ", "be", " ",
"found", " ", "in", " ", "Kim"}]}], "&"}], "Forge"}], ",", " ",
RowBox[{"MSB", " ", "2012."}]}], "Subsubtitle"],
StyleBox[" ", "Subsubtitle"],
StyleBox["\[IndentingNewLine]", "Subsubtitle"],
StyleBox[
RowBox[{
RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "variables", " ",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4", "]"}], "[",
"m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "and", " ",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[",
"m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "represent", " ", "CK1", " ",
"bound", " ", "CK1", " ", "inhibitor", " ", "and", " ",
RowBox[{"GSK3b", ":",
RowBox[{
"CK1", " ", "bound", " ", "to", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}]}]}],
",",
RowBox[{"repsectively", ".", " "}]}], "Subsubtitle"]}]}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5661380716301937`*^9, 3.566138078216537*^9},
3.566138717740789*^9, {3.566174378162181*^9, 3.566174421096039*^9}},
EmphasizeSyntaxErrors->True],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{"atwo", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}],
"[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "'"}], "[", "t", "]"}],
"\[Equal]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"CK1", "-",
RowBox[{"CK1", " ", "Inhibitor", " ",
RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"inbin", "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"inbin", "*",
RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "inbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"inubin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*", "Trnaslation", "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"tlp", "*",
RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"tlp", "*",
RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"tlr", "*",
RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"tlr", "*",
RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", "-",
RowBox[{"CRY", " ",
RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ar", "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ar", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ar", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dr", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", "-",
RowBox[{"CKI", " ",
RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}],
"]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}],
"]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "3",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "j", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", "-",
RowBox[{"GSK3b", " ",
RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}],
"*", "agp", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[",
RowBox[{"l", "+", "2"}], "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n",
"]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}],
"*", "agp", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*", "agp", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[",
RowBox[{"l", "-", "2"}], "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n",
"]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}],
"*", "agp", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}],
"*", "agp", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"0", ",", "1", ",", "4"}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"dg", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", "-", "BMAL1", "-",
RowBox[{
RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ",
RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "bbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"unbbin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "bbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"unbbin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", ">", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"unbbin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"CRY", "-", "BMAL1", "-",
RowBox[{
RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ",
RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "cbbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"uncbbin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "cbbin"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"uncbbin", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cbbin", "*", "Nf", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{"uncbbin", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"REV", "-", "ERBs", "-",
RowBox[{"GSK3b", " ",
RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ag"}], "*",
RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{
RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{
RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ag"}], "*", "Nf", "*",
RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{
RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{
RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"PER", " ", "Binding", " ", "Protiens", " ", "Subcellular", " ",
"Translocation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"-", "ne"}], "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}],
"]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}],
"]"}], "*", "nl", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ne", "*",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}],
"]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"-",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}],
"]"}], "*", "nl", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"BMAL1", "-",
RowBox[{
RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", "Subcellular", " ",
"Translocation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"nlbc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "0", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "nlbc"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Kinase", " ", "Subcellular", " ", "Translocation"}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "lne"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"lne", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"CK1", "-",
RowBox[{
"CK1", " ", "inhibitor", " ", "Complex", " ", "Subcellular", " ",
"Translocation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "lnei"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"lnei", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", " ", "Phosphorylation", " ", "with", " ", "CKI"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "1"}], ")"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "hoo"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"+", "hoo"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "1", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "hto"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"hto", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[",
RowBox[{"j", "-", "1"}], "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER2", " ", "Phosphorylation", " ", "with", " ", "GSK3b"}],
"*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[",
RowBox[{"j", "-", "2"}], "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"BMAL", "-",
RowBox[{
RowBox[{"CLCOK", "/", "NPAS2"}], " ", "Phosphorylation", " ",
"with", " ", "GSK3b"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"phos", "*",
RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"CRY", " ", "Degradation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "uro"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "urt"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "uro"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "urt"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"uro", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
"+",
RowBox[{"urt", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"PER", " ", "Degradation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "1"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "3"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "5"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}],
"]"}]}], "*", "upu", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "2"}], ")"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}],
"]"}]}], "*", "up", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "4"}], ")"}], "||",
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}],
"]"}]}], "*", "up", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "==", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}],
"+",
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}],
"+",
RowBox[{"upu", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}],
"]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "==", "4"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"upu", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "==", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"upu", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "==", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "==", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"up", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+",
RowBox[{"upu", "*",
RowBox[{"Sum", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}],
",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",",
"0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"BMAL1", "-",
RowBox[{
RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", "Degradation"}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "ubc"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{"ubc", "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "ubc"}], "*",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}],
",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"REV", "-",
RowBox[{"ERBS", " ", "Degradation"}]}], "*)"}],
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"urev", "*",
RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uprev", "*",
RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&",
RowBox[{"(",
RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"urev", "*",
RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+",
RowBox[{"uprev", "*",
RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}]}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.531666228613925*^9, 3.531666240348755*^9}, {
3.531666366556016*^9, 3.53166652598601*^9}, {3.531756451735792*^9,
3.531756452170289*^9}, {3.531757243257128*^9, 3.531757247662985*^9},
3.531761812052266*^9, {3.554736820279859*^9, 3.5547368212077427`*^9}, {
3.566134725084689*^9, 3.5661347717361727`*^9}, {3.566134834389222*^9,
3.566134971706583*^9}, {3.566135066317586*^9, 3.5661351111665487`*^9}, {
3.5661351768871393`*^9, 3.566135218503944*^9}, {3.566135260126439*^9,
3.566135274254878*^9}, {3.566135329466524*^9, 3.5661355703742313`*^9}, {
3.566135627780591*^9, 3.566135658223051*^9}, {3.566135696777132*^9,
3.566135761155053*^9}, {3.566135882244348*^9, 3.566135980450783*^9}, {
3.566136020731022*^9, 3.566136043729602*^9}, {3.566136076422051*^9,
3.5661360975877247`*^9}, {3.5661362688113117`*^9, 3.566136370615715*^9}, {
3.566136402047984*^9, 3.5661364116505957`*^9}, {3.566136510844758*^9,
3.566136538241935*^9}, {3.566136585268985*^9, 3.566136688117531*^9}, {
3.566136763926684*^9, 3.5661368251151876`*^9}, {3.5661368586730843`*^9,
3.566136884159655*^9}, {3.5661374028675137`*^9, 3.566137469712371*^9}, {
3.566137663644182*^9, 3.566137677143381*^9}, {3.5661385719785147`*^9,
3.5661385898410683`*^9}, 3.566138986250787*^9}],
Cell[BoxData[""], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566138118558591*^9, 3.5661381307455387`*^9}, {
3.5661381791265917`*^9, 3.566138229955743*^9}, 3.566138704987912*^9}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
"Simulation", " ", "of", " ", "Chronic", " ", "Dosing", " ", "under", " ",
"LD", " ", "cycle"}], "Subtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5661445702843018`*^9, 3.5661445830145063`*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{"Parameters", " ", "for", " ", "Dosing", " ", "Condition"}],
"Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566144636250359*^9, 3.566144639095492*^9},
3.566144792925613*^9}],
Cell[BoxData[
RowBox[{
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Dosing", " ", "Timing", " ",
RowBox[{"(", "hr", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"dtt", "=", "11"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Light", " ", "Duration", " ",
RowBox[{"(", "hr", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"ldd", "=", "12"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Dosing", " ", "Days"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"days", "=", "21"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{"Dosing", " ", "Amount", " ",
RowBox[{"(", "mpk", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"dose", "=", "32"}], ";"}]}]}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566144653441592*^9, 3.5661447122669563`*^9}, {
3.566159046650378*^9, 3.566159068566884*^9}, {3.56616042268292*^9,
3.5661604243340187`*^9}, 3.566169415702774*^9, {3.5661698601788607`*^9,
3.5661698612275753`*^9}, {3.566170891393249*^9, 3.566170899084346*^9},
3.566171253852394*^9, {3.5661716071813383`*^9, 3.566171620355648*^9}, {
3.5661719847189007`*^9, 3.566171985326148*^9}, {3.5661725752058287`*^9,
3.566172603814258*^9}, 3.5661730852872343`*^9, {3.566173655108026*^9,
3.566173666010647*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
"Entrainment", " ", "to", " ", "LD", " ", "cycle", " ", "before", " ",
"dosing", " ", "for", " ", "2", " ", "weeks"}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566144636250359*^9, 3.566144639095492*^9},
3.566144792925613*^9, {3.566174467591181*^9, 3.5661744766498013`*^9}}],
Cell[BoxData[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"For", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",",
RowBox[{"jjj", "<", "29"}], ",",
RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init2", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}],
";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",",
RowBox[{"Init1", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}],
"]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"Init11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
RowBox[{"Init22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}],
";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"Init11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}]}]}],
"]"}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afive", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{
"GR", ",", "G", ",", "MnRo", ",", "McRo", ",", "MnRt", ",", "McRt",
",", "MnPo", ",", "McPo", ",", "MnPt", ",", "McPt", ",", "MnB",
",", "McB", ",", "B", ",", "Cl", ",", "MnRev", ",", "McRev", ",",
"cyrev", ",", "revn", ",", "cyrevg", ",", "revng", ",", "cyrevgp",
",", "revngp", ",", "cyrevp", ",", "revnp", ",", "GB", ",", "GBR",
",", "BC", ",", "pInh", ",", "nInh", ",", "bInh", ",", "Inh", ",",
"ltn", ",", "Gr", ",", "GrR", ",", "McNp", ",", "MnNp", ",", "Gc",
",", "GcR", ",", "GBb", ",", "GBRb", ",", "gto"}], "}"}], ",",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt2", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}],
",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd"}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"Init11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}],
"[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "ldd", "]"}], "/.",
"qrt2"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
RowBox[{"Init22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",",
"0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}], "]"}]}],
";",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"Init22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"Init11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt22", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}],
",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "28"}], ",",
RowBox[{"XXo", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt2", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd", ",", "0.02"}], "}"}]}],
"]"}]}]}], "]"}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "28"}], ",",
RowBox[{"XXt", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0.02", ",",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}]}],
"]"}], ";"}]}], "\[IndentingNewLine]", "]"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Measurement", " ", "of", " ", "Phase", " ", "before", " ", "Dosing"}],
"*)"}]}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"XX", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"XXo", ",", "XXt"}], "]"}]}], ";"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"tBm", "=",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Position", "[",
RowBox[{"XX", ",",
RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*", "0.02"}]}],
";"}], "\[IndentingNewLine]"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"imInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}],
"[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "3"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";"}], "\n",
RowBox[{
RowBox[{"imInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",",
"0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",",
"0", ",", "0"}], "}"}], "]"}]}], ";"}]}], "Input",
CellChangeTimes->{
3.566161075053082*^9, {3.566170937889534*^9, 3.566170965100277*^9},
3.566171638206554*^9, {3.56617248678998*^9, 3.566172523357822*^9}, {
3.566172609868486*^9, 3.566172681749069*^9}, {3.5661744817490187`*^9,
3.566174482919025*^9}}],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{"Chronic", " ", "Dosing"}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566173887847229*^9, 3.566173890847055*^9}, {
3.566173971364202*^9, 3.566173973450534*^9}}],
Cell[CellGroupData[{
Cell[BoxData[{
RowBox[{
RowBox[{"nprod", "=",
RowBox[{"prodi", "*",
RowBox[{"dose", "/", "32"}]}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"tmo", "=",
RowBox[{"{", "}"}]}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"ldd", ">", "dtt"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\n",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"For", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",",
RowBox[{"jjj", "<",
RowBox[{"days", "+", "1"}]}], ",",
RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}],
";",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",",
RowBox[{"imInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}],
"]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0",
",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}]}], "]"}], ";",
RowBox[{"qrt2", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "dtt"}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "dtt", "]"}], "/.",
"qrt2"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}], "+", "nprod"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt22", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt3", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXo", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt2", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "dtt", ",", "0.02"}], "}"}]}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXt", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0.02", ",",
RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}],
";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXh", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt3", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0.02", ",",
RowBox[{"24", "-", "ldd"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XX", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"XXo", ",", "XXt", ",", "XXh"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"tBmt", "=",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Position", "[",
RowBox[{"XX", ",",
RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*",
"0.02"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"tmo", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Flatten", "[", "tmo", "]"}], ",",
RowBox[{"{", "tBmt", "}"}]}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";"}],
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"For", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",",
RowBox[{"jjj", "<",
RowBox[{"days", "+", "1"}]}], ",",
RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"imInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}],
";",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"If", "[",
RowBox[{
RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",",
RowBox[{"imInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}],
"]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0",
",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}],
";"}]}], "]"}], ";",
RowBox[{"qrt2", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd"}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "ldd", "]"}], "/.",
"qrt2"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt22", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit11", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"mInit22", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0",
",", "0", ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[",
RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"athree", "=",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}], "+", "nprod"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]",
RowBox[{"mInit22", "[",
RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"afour", "=",
RowBox[{"Flatten", "[",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l",
"]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}],
"\[Equal]",
RowBox[{"mInit11", "[",
RowBox[{"[",
RowBox[{
RowBox[{"j", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"k", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"l", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"m", "+", "1"}], ",",
RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"qrt3", "=",
RowBox[{"NDSolve", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}],
"]"}], ",", "afive", ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}]}], "}"}], ",",
RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",",
RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"(*",
RowBox[{
"Measurement", " ", "of", " ", "Phas", " ", "during", " ", "Chronic",
" ", "Dosing"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXo", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt2", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd", ",", "0.02"}], "}"}]}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXt", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt22", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0.02", ",",
RowBox[{
RowBox[{"-", "ldd"}], "+", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}],
"]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XXh", "=",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+",
RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.",
RowBox[{"qrt3", "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"t", ",", "0.02", ",",
RowBox[{"24", "-", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"XX", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{"XXo", ",", "XXt", ",", "XXh"}], "]"}]}], ";",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"tBmt", "=",
RowBox[{
RowBox[{"(",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"Position", "[",
RowBox[{"XX", ",",
RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[",
RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*",
"0.02"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"tmo", "=",
RowBox[{"Join", "[",
RowBox[{
RowBox[{"Flatten", "[", "tmo", "]"}], ",",
RowBox[{"{", "tBmt", "}"}]}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";"}]}],
"\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "]"}],
";"}], "\[IndentingNewLine]",
RowBox[{
RowBox[{"Print", "[",
RowBox[{"{",
RowBox[{"tmo", "-", "tBm"}], "}"}], "]"}], ";"}]}], "Input",
CellChangeTimes->{{3.558825310075603*^9, 3.558825511440859*^9}, {
3.55882565482724*^9, 3.5588256845047827`*^9}, 3.5588257797176437`*^9, {
3.5623490925300922`*^9, 3.562349384350348*^9}, {3.56235003231621*^9,
3.562350039663786*^9}, {3.562350138999613*^9, 3.562350141883975*^9},
3.56235017218145*^9, {3.562350250782755*^9, 3.5623502689342737`*^9}, {
3.5623504260867653`*^9, 3.562350433049272*^9}, 3.5623505618839808`*^9,
3.5623506921829863`*^9, {3.5623512895870028`*^9, 3.562351292090147*^9},
3.5623514391242228`*^9, {3.56235187235192*^9, 3.562351874843458*^9}, {
3.562352290744619*^9, 3.562352300275064*^9}, {3.562352585755266*^9,
3.562352618545154*^9}, {3.5626666394237537`*^9, 3.562666640925899*^9}, {
3.564938225475029*^9, 3.5649382398050003`*^9}, {3.5649409393347797`*^9,
3.564940941977206*^9}, {3.564941105945068*^9, 3.564941137725905*^9}, {
3.564941470840741*^9, 3.5649415599029007`*^9}, {3.564941592159647*^9,
3.564941688779828*^9}, {3.5649417446601343`*^9, 3.564941747280982*^9},
3.5649417895638247`*^9, {3.564941826547824*^9, 3.564941998579496*^9}, {
3.564942075793037*^9, 3.564942077930691*^9}, {3.564942397940503*^9,
3.564942400099799*^9}, {3.564963241951673*^9, 3.564963244725966*^9}, {
3.564964162480678*^9, 3.56496416582244*^9}, {3.566145004369615*^9,
3.566145056791232*^9}, {3.566152165557129*^9, 3.5661521787363367`*^9}, {
3.5661522412995768`*^9, 3.566152280812973*^9}, {3.56615254765656*^9,
3.56615255111935*^9}, {3.566152614269566*^9, 3.566152638255692*^9}, {
3.566156046780632*^9, 3.566156078295052*^9}, {3.566157263010973*^9,
3.566157286043408*^9}, {3.566157316663488*^9, 3.5661573185648727`*^9}, {
3.5661609820753937`*^9, 3.566160987702614*^9}, 3.566161093102737*^9,
3.566171646307048*^9, {3.566172692700941*^9, 3.566172802372284*^9}, {
3.566173276858266*^9, 3.566173294883959*^9}, {3.566173724963757*^9,
3.566173725387579*^9}, {3.5661739818128033`*^9, 3.5661739826597757`*^9}}],
Cell[BoxData[
RowBox[{"{",
RowBox[{"{",
RowBox[{
"0.`", ",", "1.1600000000000001`", ",", "2.460000000000001`", ",",
"3.4400000000000013`", ",", "4.120000000000001`", ",",
"4.540000000000001`", ",", "4.780000000000001`", ",",
"4.940000000000001`", ",", "5.0600000000000005`", ",",
"5.140000000000001`", ",", "5.220000000000001`", ",", "5.26`", ",",
"5.32`", ",", "5.360000000000001`", ",", "5.4`", ",", "5.42`", ",",
"5.460000000000001`", ",", "5.48`", ",", "5.520000000000001`", ",",
"5.540000000000001`", ",", "5.5600000000000005`"}], "}"}], "}"}]], "Print",\
CellChangeTimes->{3.566160913859961*^9, 3.56616127472832*^9,
3.566169611384047*^9, 3.5661700440828123`*^9, 3.566171092782008*^9,
3.5661714609800253`*^9, 3.566171748792951*^9, 3.566172304400169*^9,
3.566173039928204*^9, 3.566173230438703*^9, 3.566173831225403*^9}]
}, Open ]],
Cell[BoxData[
StyleBox[
RowBox[{
"Plot", " ", "of", " ", "Phase", " ", "Change", " ", "during", " ",
"Chronic", " ", "Dosing"}], "Subsubtitle"]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.566173887847229*^9, 3.566173890847055*^9}, {
3.566173971364202*^9, 3.5661740100347157`*^9}, {3.566174525250708*^9,
3.566174529599658*^9}}],
Cell[CellGroupData[{
Cell[BoxData[
RowBox[{"ListPlot", "[",
RowBox[{
RowBox[{"-",
RowBox[{"Table", "[",
RowBox[{
RowBox[{
RowBox[{"tmo", "[",
RowBox[{"[", "jj", "]"}], "]"}], "-", "tBm"}], ",",
RowBox[{"{",
RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "days"}], "}"}]}], "]"}]}], ",",
RowBox[{"Joined", "\[Rule]", "True"}], ",",
RowBox[{"Mesh", "\[Rule]", "All"}], ",",
RowBox[{"PlotStyle", "\[Rule]",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"PointSize", "[", "Large", "]"}], ",", "Red"}], "}"}]}], ",",
RowBox[{"AxesStyle", "\[Rule]",
RowBox[{"Directive", "[",
RowBox[{"Thick", ",",
RowBox[{"FontSize", "\[Rule]", "20"}]}], "]"}]}], ",",
"\[IndentingNewLine]",
RowBox[{"BaseStyle", "\[Rule]",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"FontFamily", "\[Rule]", "\"\<Helvetica\>\""}], ",",
RowBox[{"FontSize", "\[Rule]", "20"}]}], "}"}]}], ",",
RowBox[{"AxesOrigin", "\[Rule]",
RowBox[{"{",
RowBox[{"0", ",",
RowBox[{"-", "8"}]}], "}"}]}], ",",
RowBox[{"Ticks", "\[Rule]",
RowBox[{"{",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{"0", ",", "7", ",", "14", ",", "21", ",", "28"}], "}"}], ",",
RowBox[{
RowBox[{"{",
RowBox[{"1", ",", "0", ",",
RowBox[{"-", "1"}], ",",
RowBox[{"-", "2"}], ",",
RowBox[{"-", "3"}], ",",
RowBox[{"-", "4"}], ",",
RowBox[{"-", "5"}], ",",
RowBox[{"-", "6"}], ",",
RowBox[{"-", "7"}], ",",
RowBox[{"-", "8"}]}], "}"}], "*", "2"}]}], "}"}]}], ",",
RowBox[{"AxesLabel", "\[Rule]",
RowBox[{"{",
RowBox[{"Days", ",", "Phase"}], "}"}]}]}], "]"}]], "Input",
CellChangeTimes->{{3.5661737861174507`*^9, 3.5661738668856583`*^9}, {
3.566174061577158*^9, 3.566174088294278*^9}}],
Cell[BoxData[
GraphicsBox[GraphicsComplexBox[CompressedData["
1:eJxTTMoPSmViYGAQBWIQDQEf7BlQgcOEQ181Yvo/7YdwORw2uD+sElnHfADC
F3DoeB24Q66VG8oXcagRWQdUIQDlSzhoxfQDTRCC8mUcFFpBGoShfAWHIyDj
D8H4Sg52XNcXF9iKQPkqUPthfDWHR1UgC2B8DQewci5RKF/LwQPkPHcYX8eh
yBakAsbXc5g1EwRgfAOHdWD/wPiGDjdAxl2H8Y0c3oC89xrGN3YQA2sQg/JN
oP6D8U2h7hc7AABXQ1di
"], {{{}, {},
{RGBColor[1, 0, 0], PointSize[Large],
LineBox[{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,
19, 20, 21}]}}, {
{RGBColor[1, 0, 0], PointSize[Large],
PointBox[{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,
19, 20, 21}]}, {}, {}}}],
AspectRatio->NCache[GoldenRatio^(-1), 0.6180339887498948],
Axes->True,
AxesLabel->{
FormBox["Days", TraditionalForm],
FormBox["Phase", TraditionalForm]},
AxesOrigin->{0, -8},
AxesStyle->Directive[
Thickness[Large], FontSize -> 20],
BaseStyle->{FontFamily -> "Helvetica", FontSize -> 20},
ImageSize->{513., Automatic},
PlotRange->{{0., 21.}, {-8, 0.}},
PlotRangeClipping->True,
PlotRangePadding->{
Scaled[0.02],
Scaled[0.02]},
Ticks->{{{0,
FormBox["0", TraditionalForm]}, {7,
FormBox["7", TraditionalForm]}, {14,
FormBox["14", TraditionalForm]}, {21,
FormBox["21", TraditionalForm]}, {28,
FormBox["28", TraditionalForm]}}, {{2,
FormBox["2", TraditionalForm]}, {0,
FormBox["0", TraditionalForm]}, {-2,
FormBox[
RowBox[{"-", "2"}], TraditionalForm]}, {-4,
FormBox[
RowBox[{"-", "4"}], TraditionalForm]}, {-6,
FormBox[
RowBox[{"-", "6"}], TraditionalForm]}, {-8,
FormBox[
RowBox[{"-", "8"}], TraditionalForm]}, {-10,
FormBox[
RowBox[{"-", "10"}], TraditionalForm]}, {-12,
FormBox[
RowBox[{"-", "12"}], TraditionalForm]}, {-14,
FormBox[
RowBox[{"-", "14"}], TraditionalForm]}, {-16,
FormBox[
RowBox[{"-", "16"}], TraditionalForm]}}}]], "Output",
CellChangeTimes->{{3.566173834259454*^9, 3.566173868642701*^9}, {
3.566174069853547*^9, 3.566174088804469*^9}}]
}, Open ]]
},
WindowSize->{1440, 789},
WindowMargins->{{-3, Automatic}, {-53, Automatic}},
PrintingCopies->1,
PrintingPageRange->{1, Automatic},
FrontEndVersion->"8.0 for Mac OS X x86 (32-bit, 64-bit Kernel) (November 6, \
2010)",
StyleDefinitions->"Default.nb"
]
(* End of Notebook Content *)
(* Internal cache information *)
(*CellTagsOutline
CellTagsIndex->{}
*)
(*CellTagsIndex
CellTagsIndex->{}
*)
(*NotebookFileOutline
Notebook[{
Cell[557, 20, 915, 21, 150, "Input"],
Cell[1475, 43, 872, 17, 52, "Input"],
Cell[2350, 62, 492, 13, 29, "Input"],
Cell[2845, 77, 259, 5, 39, "Input"],
Cell[3107, 84, 37499, 994, 658, "Input"],
Cell[40609, 1080, 238, 5, 59, "Input"],
Cell[40850, 1087, 6374, 141, 553, "Input"],
Cell[47227, 1230, 278, 6, 31, "Input"],
Cell[47508, 1238, 3215, 79, 358, "Input"],
Cell[50726, 1319, 194, 4, 39, "Input"],
Cell[50923, 1325, 498, 10, 31, "Input"],
Cell[51424, 1337, 25784, 696, 973, "Input"],
Cell[77211, 2035, 355, 8, 31, "Input"],
Cell[77569, 2045, 25767, 692, 973, "Input"],
Cell[103339, 2739, 1848, 49, 108, "Input"],
Cell[105190, 2790, 122182, 3278, 2038, "Input"],
Cell[227375, 6070, 168, 2, 27, "Input"],
Cell[227546, 6074, 231, 5, 39, "Input"],
Cell[227780, 6081, 216, 5, 31, "Input"],
Cell[227999, 6088, 1333, 29, 133, "Input"],
Cell[229335, 6119, 326, 6, 31, "Input"],
Cell[229664, 6127, 44065, 1088, 913, "Input"],
Cell[273732, 7217, 203, 4, 31, "Input"],
Cell[CellGroupData[{
Cell[273960, 7225, 115292, 2687, 2188, "Input"],
Cell[389255, 9914, 881, 16, 20, "Print"]
}, Open ]],
Cell[390151, 9933, 329, 7, 31, "Input"],
Cell[CellGroupData[{
Cell[390505, 9944, 1830, 51, 43, "Input"],
Cell[392338, 9997, 2113, 54, 330, "Output"]
}, Open ]]
}
]
*)
(* End of internal cache information *)