(* Content-type: application/vnd.wolfram.mathematica *) (*** Wolfram Notebook File ***) (* http://www.wolfram.com/nb *) (* CreatedBy='Mathematica 8.0' *) (*CacheID: 234*) (* Internal cache information: NotebookFileLineBreakTest NotebookFileLineBreakTest NotebookDataPosition[ 157, 7] NotebookDataLength[ 395985, 10101] NotebookOptionsPosition[ 394467, 10054] NotebookOutlinePosition[ 394879, 10072] CellTagsIndexPosition[ 394836, 10069] WindowFrame->Normal*) (* Beginning of Notebook Content *) Notebook[{ Cell[BoxData[{ RowBox[{ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{ "Systems", " ", "Pharmacology", " ", "Model", " ", "of", " ", "Mammalian", " ", "Circadian", " ", "Clock", " ", "Including", " ", "PF"}], "-", "670462"}], "Title"], " "}], "\[IndentingNewLine]", StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Jae", " ", "Kyoung", " ", "Kim"}], ",", RowBox[{"Daniel", " ", "B", " ", "Forger"}], ",", RowBox[{"Michael", " ", "Marconi"}], ",", RowBox[{"Douglas", " ", "Wood"}], ",", RowBox[{"Angela", " ", "Doran"}], ",", RowBox[{"Travis", " ", "Wager"}], ",", RowBox[{ "Cheng", " ", "Chang", " ", "and", " ", "Kevin", " ", "M", " ", "Walton"}]}], "Subtitle"]}], "Input", CellChangeTimes->{{3.5316682093857937`*^9, 3.531668309925372*^9}, { 3.56613373260361*^9, 3.566133758438279*^9}, {3.566174303683866*^9, 3.5661743067761717`*^9}, {3.5722236385900593`*^9, 3.5722236691154633`*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ "This", " ", "model", " ", "is", " ", "developed", " ", "in", " ", "Jae", " ", "\!\(\*\"\\\"\"\)\!\(\*\"Modeling\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"and\"\)\!\ \(\*\" \"\)\!\(\*\"validating\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"chronic\"\)\!\(\*\" \ \"\)\!\(\*\"pharmacological\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"manipulation\"\)\!\(\*\" \ \"\)\!\(\*\"of\"\)\!\(\*\" \"\)\!\(\*\"circadian\"\)\!\(\*\" \ \"\)\!\(\*\"rhythms\"\)\!\(\*\"\\\"\"\)", RowBox[{"CPT", ":", "Pharmacometrics"}]}], "&"}], " ", "Systems", " ", "Pharmacology", " ", RowBox[{ RowBox[{"(", "2013", ")"}], "."}]}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566133862197897*^9, 3.5661339566873198`*^9}, { 3.566133994388998*^9, 3.566133995775276*^9}, {3.566134564703212*^9, 3.566134566898576*^9}, {3.572223694416048*^9, 3.572223766215448*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ "This", " ", "model", " ", "is", " ", "extended", " ", "based", " ", "on", " ", "the", " ", "Kim", " ", "and", " ", "Forger", " ", "model", " ", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Kim", " ", "&"}], " ", "Forger"}], ",", " ", RowBox[{"MSB", " ", RowBox[{"(", "2012", ")"}]}]}], ")"}], ".", " "}]}], "Subsection"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5722237390752707`*^9, 3.57222377737593*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{"Initial", " ", "Conditions"}], "Subtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5316661826047163`*^9, 3.5316661842246847`*^9}, 3.531668140470046*^9, {3.5432337253436193`*^9, 3.543233725715186*^9}, 3.572223755532198*^9}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{ "Initial", " ", "Condition", " ", "for", " ", "the", " ", "multi"}], "-", RowBox[{"state", " ", "variable", " ", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Init1", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.3420612363991834`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "8.179771245758342`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "50.57941320972072`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "3.084858510765489`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0985802410460628`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "1.3084555441370038`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "41.165766704888945`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.015608382491794207`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "8.720885301950966`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "46.57213430901654`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0031953005375601647`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "1.36799289498887`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.42289800101916825`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "1.0925402835728917`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0018172208474570813`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000051969832456607834`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.005122234469530184`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.1065745913827944`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0008330734700784042`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0566635532527744`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0032917376286310976`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000014996030154730353`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.005431344430745013`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.08769094840691996`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0003337441556398164`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.05489271181066792`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0034854600146215606`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00001543121168014226`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.005104574272816484`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.09387578379334667`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0003536110985068703`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.053591842109765024`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.9143646209767509`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.6640388319296585`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.02261620526647949`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.024153127001179508`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.003566426542717158`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000019446948491991687`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0009593633157572193`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.25844220368442533`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0009853861095753967`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.024999109498991166`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0001571030498997009`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000011241988156917215`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0013233693432189286`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.010591367829307969`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00023061993448538233`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.025310956921162836`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.003906943572357614`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000013488201348952268`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0008093091845965769`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.124712274740282`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0004168131259404268`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.014891880773138683`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00018883274230441384`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "1.7997916251845195`*^-6", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0010929293853399464`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.005847694864620672`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00004358370050515716`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.01661068549366629`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0042845356189285195`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000014771592378319274`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0008613198533091311`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.1376958595595994`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00045981124781785865`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.01603487525209985`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00020679957949088886`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "1.9401844427852306`*^-6", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0011515995567390796`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.006446263165149906`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00004763488605319544`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.01770213916985296`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.005698064997206092`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00019083191864807688`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.05668344375489035`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.028756909151433502`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00041383171976532257`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.04946506549670688`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0041450474340475356`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0003862225731469661`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.12446417224048362`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0074079613548572055`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0006543776273979713`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.10408853180005757`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.006669740144184649`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00002542209112423298`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.004845243944628116`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0828541248216783`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0002945640707027717`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.032357261166932494`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0012141988050762562`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000011508013921347713`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.009768583317773775`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.008747399124363007`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00007984935519557792`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.06078778560702874`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.007063852050803612`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00002642920327460206`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.004422509243751679`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.08527034138444498`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00030090634602644245`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.030114250838098423`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0013264050530040427`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000011249707819832738`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.00878990944810083`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.009150500594118106`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00007786053056329725`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.05558596503417361`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0007928248680611883`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000025780353419672163`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0033458239867342923`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0274124885839697`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00038549841376936617`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.05899370416043617`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0001255123171657433`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00004997690057380442`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.007351856000655174`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.005502328645107724`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0006319867772882921`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.12768021452441894`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0025210125949368953`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.000010077905400078566`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.0024810297377193245`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.05812325888303372`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00020742923534716493`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.023913749818730998`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00030530718232012633`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "4.902173374599667`*^-6", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.005219487814016039`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.007539434826295608`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00006395851528373895`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.04714353907964912`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0025977211835363366`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00001017089395981654`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.002248072566075126`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.060247906870995155`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00021344857807776635`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.022578312737100606`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.0003200670130454894`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "4.603722758559816`*^-6", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.004701002286841585`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.007971833585551605`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.`", "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", "0.00006352606272272561`", "}"}], ",", RowBox[{"{", "0.04407940585392828`", "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], "}"}]}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{ "Initial", " ", "Condition", " ", "for", " ", "the", " ", "single"}], "-", RowBox[{"state", " ", "variable"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Init2", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ "0.21004770358705036`", ",", "0.7879547112081645`", ",", "1.1383721663365372`", ",", "3.760854376307055`", ",", "1.095465622771389`", ",", "12.37354665811613`", ",", "4.470535676137161`", ",", "4.189465465043962`", ",", "0.5791077386453771`", ",", "8.349625799238817`", ",", "1.4116789475658296`", ",", "35.184199298572295`", ",", "8.56043138049844`", ",", "23.77410578150899`", ",", "0.5893077833141493`", ",", "0.40424721668584945`", ",", "48.09767559849965`", ",", "31.869023309234613`", ",", "161.14372712932516`", ",", "123.95046120625604`", ",", "467.84444843738225`", ",", "0.1932885142503498`", ",", "58.23913168018502`", ",", "0.03971373557862615`", ",", "19.06619007243528`", ",", "0.5999649539384736`", ",", "0.39359004606153003`", ",", "0", ",", "0.11012045498612394`", ",", "67.61745646537098`", ",", "0", ",", "0", ",", "6.5815025579914295`", ",", "0.4162165798701546`", ",", "0.5585648324701572`", ",", "0.`", ",", "0.25595982171319526`", ",", "0.5203673130406197`", ",", "0.19388642676798773`", ",", "0.8044041532454284`"}], "}"}]}], ";"}], "\n"}]}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.531651170310773*^9, 3.531651234319051*^9}, { 3.5316660752579727`*^9, 3.53166608034619*^9}, {3.5316661801568747`*^9, 3.531666216016047*^9}, {3.5661372044075537`*^9, 3.566137234957316*^9}}], Cell[BoxData[{ StyleBox["Parameters", "Subtitle"], "\[IndentingNewLine]", StyleBox[ RowBox[{"Original", " ", "Model", " ", "Prameters"}], "Subsubtitle"]}], "Input", CellChangeTimes->{{3.566134056805214*^9, 3.566134067968223*^9}}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"(*", RowBox[{"Transcription", " ", "Rate"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"trPo", "=", "25.9201"}], ";", RowBox[{"trPt", "=", "44.854`"}], ";", RowBox[{"trRo", "=", "23.0747`"}], ";", RowBox[{"trRt", "=", "39.9409`"}], ";", RowBox[{"trB", "=", "46.1038`"}], ";", RowBox[{"trRev", "=", "102.92299999999999`"}], ";", RowBox[{"trNp", "=", "0.3297485941817571`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\n", RowBox[{"(*", RowBox[{"Translation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"tlp", "=", "1.81031"}], ";", RowBox[{"tlr", "=", "5.03882"}], ";", RowBox[{"tlb", "=", "0.530436"}], ";", RowBox[{"tlrev", "=", "8.90744"}], ";", RowBox[{"tlc", "=", "4.645890"}], ";", RowBox[{"tlnp", "=", "1.25099"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}], " ", "Rate", " ", "between", " ", "Proteins"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"agp", "=", "1.3962`"}], ";", RowBox[{"dg", "=", "2.93521`"}], ";", RowBox[{"ac", "=", "0.0456572`"}], ";", RowBox[{"dc", "=", "0.108072`"}], ";", RowBox[{"ar", "=", "0.0235285`"}], ";", RowBox[{"dr", "=", "0.605268`"}], ";", RowBox[{"cbin", "=", "0.0454894`"}], ";", RowBox[{"uncbin", "=", "7.27215`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"bbin", "=", "6.92686`"}], ";", RowBox[{"unbbin", "=", "0.130196`"}], ";", RowBox[{"cbbin", "=", "6.59924`"}], ";", RowBox[{"uncbbin", "=", "0.304176`"}], ";", RowBox[{"ag", "=", "0.162392"}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}], " ", "Rate", " ", "on", " ", "Promoters"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"bin", "=", "6.97166`"}], ";", RowBox[{"unbin", "=", "0.255032`"}], ";", RowBox[{"binrev", "=", "0.0120525`"}], ";", RowBox[{"unbinrev", "=", "10.9741`"}], ";", RowBox[{"binr", "=", "6.15445`"}], ";", RowBox[{"unbinr", "=", "2.91009`"}], ";", RowBox[{"binc", "=", "0.280863`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"unbinc", "=", "0.00886752`"}], ";", RowBox[{"binrevb", "=", "0.00626588`"}], ";", RowBox[{"unbinrevb", "=", "5.30559`"}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Translocation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "=", "0.16426`"}], ";", RowBox[{"tmcrev", "=", "9.2631`"}], ";", RowBox[{"nl", "=", "0.643086`"}], ";", RowBox[{"ne", "=", "0.0269078`"}], ";", RowBox[{"nlrev", "=", "9.63702`"}], ";", RowBox[{"nerev", "=", "0.0152514`"}], ";", RowBox[{"lne", "=", "0.594609`"}], ";", RowBox[{"nlbc", "=", "5.26501`"}], ";"}], "\n", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Phosphorylation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"hoo", "=", "0.527453`"}], ";", RowBox[{"hto", "=", "2.45584`"}], ";", RowBox[{"phos", "=", "0.291429`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\n", RowBox[{"(*", RowBox[{"Light", " ", "Effet"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"lono", "=", "0.205813"}], ";", RowBox[{"lont", "=", "0.396392"}], ";", RowBox[{"ltI", "=", "300"}], ";", RowBox[{"lta", "=", RowBox[{"0.693695`", "*", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"ltI", "/", "9500"}], ")"}], "^", "0.0451246`"}]}]}], ";", RowBox[{"ltb", "=", "0.013"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"GSK3b", " ", "Activity"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"trgto", "=", "0.644602`"}], ";", RowBox[{"ugto", "=", "0.0625777`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Ratio", " ", "beteeen", " ", "Cytoplasm", " ", "and", " ", "Nucleus"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Nf", "=", "3.35063`"}], ";"}], "\n", "\n", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Degradation", " ", "Rate"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"up", "=", "3.537`"}], ";", RowBox[{"uro", "=", "0.17491`"}], ";", RowBox[{"urt", "=", "0.481895`"}], ";", RowBox[{"umNp", "=", "0.369493`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"umPo", "=", "0.76696222`"}], ";", RowBox[{"umPt", "=", "0.58891980`"}], ";", RowBox[{"umRo", "=", "0.40342526000000006`"}], ";", RowBox[{"umRt", "=", "0.45554418`"}], ";", RowBox[{"ub", "=", "0.018800209999999998`"}], ";", RowBox[{"uc", "=", "0.025165115999999998`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"ubc", "=", "0.34882936000000003`"}], ";", RowBox[{"upu", "=", "0.0700322`"}], ";", RowBox[{"urev", "=", "1.6487614725107194`"}], ";", RowBox[{"uprev", "=", "0.5173026723236928`"}], ";", RowBox[{"umB", "=", "0.7954019999999999`"}], ";", RowBox[{"umRev", "=", "1.510194`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}]}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.531651259026125*^9, 3.531651327976585*^9}, { 3.531651413810953*^9, 3.5316514593928833`*^9}, {3.53165374463516*^9, 3.531653834641397*^9}, {3.531665800410345*^9, 3.531665807570601*^9}, { 3.531666199574057*^9, 3.5316662017200727`*^9}, {3.5317563239298353`*^9, 3.5317563737710238`*^9}, 3.5317564118872766`*^9, {3.5317564435289507`*^9, 3.5317564444561462`*^9}, {3.5317564868701363`*^9, 3.5317565653516693`*^9}, {3.531756636041912*^9, 3.5317567285527697`*^9}, { 3.531756763763942*^9, 3.531756818827443*^9}, {3.531756849295059*^9, 3.531757052424533*^9}, 3.5317571088552113`*^9, {3.531757142393559*^9, 3.5317572371568604`*^9}, {3.531761778140252*^9, 3.531761793850124*^9}, { 3.5317619705618467`*^9, 3.531761977455779*^9}, {3.5317650226729937`*^9, 3.531765027603498*^9}, {3.531765156750782*^9, 3.531765158693611*^9}, 3.531939801248106*^9, {3.531952936081143*^9, 3.531952983816248*^9}, { 3.531953031305662*^9, 3.531953037249586*^9}, 3.5547368122377367`*^9, { 3.5547368635713987`*^9, 3.554736877699341*^9}, 3.566156127026873*^9, { 3.5661735869740133`*^9, 3.566173592621551*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Newly", " ", "Added", " ", "Prameters", " ", "for", " ", "PF"}], "-", "670462"}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566134084975582*^9, 3.5661340873661737`*^9}, { 3.566174351175856*^9, 3.5661743546557837`*^9}}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"(*", RowBox[{ "Initial", " ", "free", " ", "plasma", " ", "concentration", " ", "of", " ", "CK1", " ", "inhibitor", " ", RowBox[{"(", RowBox[{"32", "mpk"}], ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"prodi", "=", "2562.61"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "plasma", " ", "to", " ", "brain", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"nlpin", "=", "6.32905"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "brain", " ", "to", " ", "plasma", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"nepin", "=", "15.3532`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "brain", " ", "to", " ", "cell", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"nlbin", "=", "0.485643`"}], ";"}], "\n", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Transfer", " ", "rate", " ", "from", " ", "cell", " ", "to", " ", "brain", " ", "for", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"nebin", "=", "19.1976`"}], ";"}], "\n", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Nuclear", " ", "localization", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"nlin", "=", "0.533183`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Nuclear", " ", "export", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ", "inhibitor"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"nein", "=", "0.192038`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Nuclear", " ", "export", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ", "and", " ", "CKI", " ", "inhibitor", " ", "complex"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"lnei", "=", "0.0472142`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Binding", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ", "inhibitor", " ", "to", " ", "CKI"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"inbin", "=", "0.42118`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Unbinding", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "CKI", " ", "inhibitor", " ", "to", " ", "CKI"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"inubin", "=", "3.38008`"}], ";"}], "\n", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Clearance", " ", "rate", " ", "constant", " ", "for", " ", "free", " ", "CKI", " ", "inhibitor", " ", "in", " ", "blood", " ", "plasma"}], "*)"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"uinp", "=", "1.6529873382775981`"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}]}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5661341714540052`*^9, 3.5661342038122063`*^9}, { 3.5661342632589197`*^9, 3.566134433159754*^9}, {3.566134471305431*^9, 3.566134614163261*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{"Equations", " "}], "Subtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.531666126996792*^9, 3.531666165552907*^9}, { 3.5316673330233717`*^9, 3.531667337665584*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Single"}], "-", RowBox[{ "state", " ", "Variables", " ", "when", " ", "light", " ", "is", " ", "on"}]}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566135290174507*^9, 3.566135298567011*^9}, { 3.566135341901145*^9, 3.566135345802758*^9}, {3.566138780786001*^9, 3.5661387831054983`*^9}, {3.566173506808961*^9, 3.566173511829565*^9}, { 3.572223911086116*^9, 3.572223911486277*^9}}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"laone", "=", RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Original", " ", "model", " ", "equations"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"E", "-", RowBox[{"box", " ", "activity"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"bin", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbin", "*", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"bin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbin", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GrR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binr", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinr", "*", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Gr", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binr", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinr", "*", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GcR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binc", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinc", "*", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Gc", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinc", "*", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"RORE", " ", "activity"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binrev", "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"unbinrev", "*", RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "binrev"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"unbinrev", "*", RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binrevb", "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"unbinrevb", "*", RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "binrevb"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"unbinrevb", "*", RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", "Transcription", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trPo", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPo", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"lono", "*", "19.9", "*", "lta", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPo"}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPo", "*", RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trPt", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPt", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"lont", "*", "19.9", "*", "lta", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPt"}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPt", "*", RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRt", "*", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRt", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRt", "*", RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRev", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmcrev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmcrev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRev", "*", RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRo", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRo", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRo", "*", RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trB", "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umB", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umB", "*", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trNp", "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umNp", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umNp", "*", RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Secondary", " ", "Feedback", " ", "Loop"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"B", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlb", "*", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ub", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Cl", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlnp", "*", RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}], "+", "tlc", "-", RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"uc", "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"BC", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"phos", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ubc", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlrev", "*", RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"nlrev", "+", "urev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ag", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"nerev", "+", "urev"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], ")"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"ag", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revng", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revngp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revnp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Activity", " ", "of", " ", "GSK3b"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trgto", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ugto", "*", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", "Light", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"ltn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"60", "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"lta", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"ltb", "*", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}]}], ")"}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "equations"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Blood", " ", "Plsma", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"pInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"uinp", "+", "nlpin"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nepin", "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Brain", " ", "Tissue", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"bInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"nlbin", "+", "nepin"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlpin", "*", RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nebin", "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Cytoplasm", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Inh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{"nlbin", "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"nebin", "+", "nlin"}], ")"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nein", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Nucleus", " ", "Concentration"}], "*)"}], RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"nInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", "nlin"}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", "nein", ")"}], "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"(", RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}]}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "}"}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566138785433442*^9, 3.566138853703446*^9}, 3.566173500816382*^9}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Single"}], "-", RowBox[{ "state", " ", "Variables", " ", "when", " ", "light", " ", "is", " ", "off"}]}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5661735221458197`*^9, 3.566173522592857*^9}, { 3.572223906394858*^9, 3.572223906792968*^9}}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"daone", "=", RowBox[{"{", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Original", " ", "model", " ", "equations"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"E", "-", RowBox[{"box", " ", "activity"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"bin", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbin", "*", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"bin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbin", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GrR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binr", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinr", "*", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Gr", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binr", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GrR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinr", "*", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GcR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binc", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}], ")"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinc", "*", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Gc", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}], "-", RowBox[{"GcR", "[", "t", "]"}]}], ")"}]}], "-", RowBox[{"unbinc", "*", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"RORE", " ", "activity"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBR", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binrev", "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"unbinrev", "*", RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "binrev"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"unbinrev", "*", RowBox[{"GBR", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"binrevb", "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"unbinrevb", "*", RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"GBb", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "binrevb"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"unbinrevb", "*", RowBox[{"GBRb", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", "Transcription", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trPo", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPo", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"0", "*", "lono", "*", "19.9", "*", "lta", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPo"}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McPo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPo", "*", RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trPt", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPt", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"0", "*", "lont", "*", "19.9", "*", "lta", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"1", "-", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}], ")"}], "*", "trPt"}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McPt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnPt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umPt", "*", RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRt", "*", RowBox[{"Gc", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRt", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRt", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRt", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRt", "*", RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRev", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Gr", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmcrev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmcrev", "*", RowBox[{"MnRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRev", "*", RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trRo", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRo", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McRo", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnRo", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umRo", "*", RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trB", "*", RowBox[{"GBb", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umB", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McB", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umB", "*", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trNp", "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umNp", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"McNp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tmc", "*", RowBox[{"MnNp", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"umNp", "*", RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Secondary", " ", "Feedback", " ", "Loop"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"B", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlb", "*", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ub", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Cl", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlnp", "*", RowBox[{"McNp", "[", "t", "]"}]}], "+", "tlc", "-", RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"uc", "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"BC", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"cbin", "*", RowBox[{"B", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Cl", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"uncbin", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"phos", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ubc", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"tlrev", "*", RowBox[{"McRev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"nlrev", "+", "urev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ag", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"nerev", "+", "urev"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ")"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}], ")"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"ag", "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revng", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"ag", "*", "Nf", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "+", "urev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revngp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"dg", "+", "uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"uprev", "+", "nlrev"}], ")"}], "*", RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nerev", "*", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"revnp", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"(", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}], ")"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"uprev", "+", "nerev"}], ")"}], "*", RowBox[{"revnp", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlrev", "*", RowBox[{"cyrevp", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Activity", " ", "of", " ", "GSK3b"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"gto", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"trgto", "*", RowBox[{"G", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"GB", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"ugto", "*", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", "Light", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"ltn", "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"-", "ltb"}], "*", RowBox[{"ltn", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "equations"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Blood", " ", "Plsma", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"pInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"uinp", "+", "nlpin"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nepin", "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Brain", " ", "Tissue", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"bInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"(", RowBox[{"nlbin", "+", "nepin"}], ")"}]}], "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nlpin", "*", RowBox[{"pInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nebin", "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Cytoplasm", " ", "Concentration"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Inh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{"nlbin", "*", RowBox[{"bInh", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"nebin", "+", "nlin"}], ")"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"nein", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Free", " ", "Nucleus", " ", "Concentration"}], "*)"}], RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"nInh", "'"}], "[", "t", "]"}], "==", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", "nlin"}], "-", RowBox[{ RowBox[{"(", "nein", ")"}], "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"(", RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ")"}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}]}]}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "}"}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566138785433442*^9, 3.566138853703446*^9}, { 3.566144139267209*^9, 3.5661441404979486`*^9}, {3.5661441958093777`*^9, 3.566144210714425*^9}, 3.566150525848299*^9, {3.566152499137088*^9, 3.566152529858076*^9}, 3.566154525235327*^9}], Cell[BoxData[ RowBox[{"\[IndentingNewLine]", RowBox[{ StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Extended", " ", "Equations", " ", "for", " ", "Multi"}], "-", RowBox[{"state", " ", "Variables"}]}], "Subsubtitle"], "\[IndentingNewLine]", StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Detailed", " ", "description", " ", "of", " ", "multi"}], "-", RowBox[{"state", " ", "variables", " ", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "can", " ", "be", " ", "found", " ", "in", " ", "Kim"}]}], "&"}], "Forge"}], ",", " ", RowBox[{"MSB", " ", "2012."}]}], "Subsubtitle"], StyleBox[" ", "Subsubtitle"], StyleBox["\[IndentingNewLine]", "Subsubtitle"], StyleBox[ RowBox[{ RowBox[{"Newly", " ", "added", " ", "variables", " ", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "and", " ", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], " ", "represent", " ", "CK1", " ", "bound", " ", "CK1", " ", "inhibitor", " ", "and", " ", RowBox[{"GSK3b", ":", RowBox[{ "CK1", " ", "bound", " ", "to", " ", "CK1", " ", "inhibitor"}]}]}], ",", RowBox[{"repsectively", ".", " "}]}], "Subsubtitle"]}]}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5661380716301937`*^9, 3.566138078216537*^9}, 3.566138717740789*^9, {3.566174378162181*^9, 3.566174421096039*^9}}, EmphasizeSyntaxErrors->True], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"atwo", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "'"}], "[", "t", "]"}], "\[Equal]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"CK1", "-", RowBox[{"CK1", " ", "Inhibitor", " ", RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"inbin", "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"inbin", "*", RowBox[{"Inh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "inbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"inbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{"nInh", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"inubin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", "Trnaslation", "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"tlp", "*", RowBox[{"McPo", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"tlp", "*", RowBox[{"McPt", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"tlr", "*", RowBox[{"McRo", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"tlr", "*", RowBox[{"McRt", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", "-", RowBox[{"CRY", " ", RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ar", "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ar", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ar"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "4", ",", "5", ",", "6"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ar", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dr", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", "-", RowBox[{"CKI", " ", RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "4", ",", "3"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "3", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ac"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "j", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ac", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", "-", RowBox[{"GSK3b", " ", RowBox[{"Binidng", "/", "Unbinidng"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "agp", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", RowBox[{"l", "+", "2"}], "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "agp", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "5", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", "agp", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", RowBox[{"l", "-", "2"}], "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}], "*", "agp", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "4", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ",", "Nf", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "agp", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"0", ",", "1", ",", "4"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"dg", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "3", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", "-", "BMAL1", "-", RowBox[{ RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "bbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"unbbin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "bbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"unbbin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", ">", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"unbbin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"CRY", "-", "BMAL1", "-", RowBox[{ RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "cbbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbbin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "cbbin"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"uncbbin", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "kk", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"kk", ",", "1", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cbbin", "*", "Nf", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{"uncbbin", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"REV", "-", "ERBs", "-", RowBox[{"GSK3b", " ", RowBox[{"Binding", "/", "Unbinding"}]}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ag"}], "*", RowBox[{"cyrev", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{ RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{ RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ag"}], "*", "Nf", "*", RowBox[{"revn", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{ RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{ RowBox[{"(", "dg", ")"}], "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "PER", " ", "Binding", " ", "Protiens", " ", "Subcellular", " ", "Translocation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"-", "ne"}], "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}], "]"}], "*", "nl", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ne", "*", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}], "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "-", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}], ",", "1", ",", "0"}], "]"}], "*", "nl", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"BMAL1", "-", RowBox[{ RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", "Subcellular", " ", "Translocation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"nlbc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "nlbc"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Kinase", " ", "Subcellular", " ", "Translocation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "lne"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"lne", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"CK1", "-", RowBox[{ "CK1", " ", "inhibitor", " ", "Complex", " ", "Subcellular", " ", "Translocation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "lnei"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "4"}], ")"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"lnei", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", " ", "Phosphorylation", " ", "with", " ", "CKI"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "1"}], ")"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "hoo"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "2"}], ")"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"+", "hoo"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "1", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "hto"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"hto", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", RowBox[{"j", "-", "1"}], "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER2", " ", "Phosphorylation", " ", "with", " ", "GSK3b"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "4"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}]}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "5"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "3"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "5"}], ")"}]}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "t", "]"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", RowBox[{"j", "-", "2"}], "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"BMAL", "-", RowBox[{ RowBox[{"CLCOK", "/", "NPAS2"}], " ", "Phosphorylation", " ", "with", " ", "GSK3b"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"phos", "*", RowBox[{"BC", "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"CRY", " ", "Degradation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "uro"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "urt"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "uro"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "urt"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"uro", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"urt", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "2", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"PER", " ", "Degradation"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "1"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "3"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "5"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "upu", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "2"}], ")"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "up", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "4"}], ")"}], "||", RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "6"}], ")"}]}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"m", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}]}], ",", "0", ",", "1"}], "]"}]}], "*", "up", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "==", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"upu", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "1", ",", "3", ",", "2"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "==", "4"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"upu", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "4", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "==", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"upu", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "nn", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"2", ",", "3", ",", "5"}], "}"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"nn", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "==", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "==", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "==", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "4", ",", "6", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"up", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "2", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}], "+", RowBox[{"upu", "*", RowBox[{"Sum", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "jj", "]"}], "[", "0", "]"}], "[", "ll", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "5", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"ll", ",", "0", ",", "5"}], "}"}]}], "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"BMAL1", "-", RowBox[{ RowBox[{"CLOCK", "/", "NPAS2"}], " ", "Degradation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "ubc"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", ">", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{"ubc", "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "1", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "1"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "ubc"}], "*", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "t", "]"}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"REV", "-", RowBox[{"ERBS", " ", "Degradation"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"urev", "*", RowBox[{"cyrevg", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uprev", "*", RowBox[{"cyrevgp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}], "+", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{"j", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"k", "\[Equal]", "0"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"l", "\[Equal]", "2"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"m", "\[Equal]", "1"}], ")"}], "&&", RowBox[{"(", RowBox[{"n", "\[Equal]", "0"}], ")"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"urev", "*", RowBox[{"revng", "[", "t", "]"}]}], "+", RowBox[{"uprev", "*", RowBox[{"revngp", "[", "t", "]"}]}]}], ",", "0"}], "]"}]}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.531666228613925*^9, 3.531666240348755*^9}, { 3.531666366556016*^9, 3.53166652598601*^9}, {3.531756451735792*^9, 3.531756452170289*^9}, {3.531757243257128*^9, 3.531757247662985*^9}, 3.531761812052266*^9, {3.554736820279859*^9, 3.5547368212077427`*^9}, { 3.566134725084689*^9, 3.5661347717361727`*^9}, {3.566134834389222*^9, 3.566134971706583*^9}, {3.566135066317586*^9, 3.5661351111665487`*^9}, { 3.5661351768871393`*^9, 3.566135218503944*^9}, {3.566135260126439*^9, 3.566135274254878*^9}, {3.566135329466524*^9, 3.5661355703742313`*^9}, { 3.566135627780591*^9, 3.566135658223051*^9}, {3.566135696777132*^9, 3.566135761155053*^9}, {3.566135882244348*^9, 3.566135980450783*^9}, { 3.566136020731022*^9, 3.566136043729602*^9}, {3.566136076422051*^9, 3.5661360975877247`*^9}, {3.5661362688113117`*^9, 3.566136370615715*^9}, { 3.566136402047984*^9, 3.5661364116505957`*^9}, {3.566136510844758*^9, 3.566136538241935*^9}, {3.566136585268985*^9, 3.566136688117531*^9}, { 3.566136763926684*^9, 3.5661368251151876`*^9}, {3.5661368586730843`*^9, 3.566136884159655*^9}, {3.5661374028675137`*^9, 3.566137469712371*^9}, { 3.566137663644182*^9, 3.566137677143381*^9}, {3.5661385719785147`*^9, 3.5661385898410683`*^9}, 3.566138986250787*^9}], Cell[BoxData[""], "Input", CellChangeTimes->{{3.566138118558591*^9, 3.5661381307455387`*^9}, { 3.5661381791265917`*^9, 3.566138229955743*^9}, 3.566138704987912*^9}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ "Simulation", " ", "of", " ", "Chronic", " ", "Dosing", " ", "under", " ", "LD", " ", "cycle"}], "Subtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5661445702843018`*^9, 3.5661445830145063`*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{"Parameters", " ", "for", " ", "Dosing", " ", "Condition"}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566144636250359*^9, 3.566144639095492*^9}, 3.566144792925613*^9}], Cell[BoxData[ RowBox[{ RowBox[{"(*", RowBox[{"Dosing", " ", "Timing", " ", RowBox[{"(", "hr", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"dtt", "=", "11"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Light", " ", "Duration", " ", RowBox[{"(", "hr", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"ldd", "=", "12"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Dosing", " ", "Days"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"days", "=", "21"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{"Dosing", " ", "Amount", " ", RowBox[{"(", "mpk", ")"}]}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"dose", "=", "32"}], ";"}]}]}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566144653441592*^9, 3.5661447122669563`*^9}, { 3.566159046650378*^9, 3.566159068566884*^9}, {3.56616042268292*^9, 3.5661604243340187`*^9}, 3.566169415702774*^9, {3.5661698601788607`*^9, 3.5661698612275753`*^9}, {3.566170891393249*^9, 3.566170899084346*^9}, 3.566171253852394*^9, {3.5661716071813383`*^9, 3.566171620355648*^9}, { 3.5661719847189007`*^9, 3.566171985326148*^9}, {3.5661725752058287`*^9, 3.566172603814258*^9}, 3.5661730852872343`*^9, {3.566173655108026*^9, 3.566173666010647*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ "Entrainment", " ", "to", " ", "LD", " ", "cycle", " ", "before", " ", "dosing", " ", "for", " ", "2", " ", "weeks"}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566144636250359*^9, 3.566144639095492*^9}, 3.566144792925613*^9, {3.566174467591181*^9, 3.5661744766498013`*^9}}], Cell[BoxData[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"For", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",", RowBox[{"jjj", "<", "29"}], ",", RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init2", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",", RowBox[{"Init1", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Init11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", RowBox[{"Init22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}]}]}], "]"}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afive", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{ "GR", ",", "G", ",", "MnRo", ",", "McRo", ",", "MnRt", ",", "McRt", ",", "MnPo", ",", "McPo", ",", "MnPt", ",", "McPt", ",", "MnB", ",", "McB", ",", "B", ",", "Cl", ",", "MnRev", ",", "McRev", ",", "cyrev", ",", "revn", ",", "cyrevg", ",", "revng", ",", "cyrevgp", ",", "revngp", ",", "cyrevp", ",", "revnp", ",", "GB", ",", "GBR", ",", "BC", ",", "pInh", ",", "nInh", ",", "bInh", ",", "Inh", ",", "ltn", ",", "Gr", ",", "GrR", ",", "McNp", ",", "MnNp", ",", "Gc", ",", "GcR", ",", "GBb", ",", "GBRb", ",", "gto"}], "}"}], ",", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt2", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd"}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"Init11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", RowBox[{"Init22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"Init11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt22", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", RowBox[{"24", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "28"}], ",", RowBox[{"XXo", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt2", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd", ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}]}], "]"}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "28"}], ",", RowBox[{"XXt", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0.02", ",", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}]}], "]"}], ";"}]}], "\[IndentingNewLine]", "]"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Measurement", " ", "of", " ", "Phase", " ", "before", " ", "Dosing"}], "*)"}]}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"XX", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"XXo", ",", "XXt"}], "]"}]}], ";"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"tBm", "=", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Position", "[", RowBox[{"XX", ",", RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*", "0.02"}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"imInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "3"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";"}], "\n", RowBox[{ RowBox[{"imInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", "0", ",", "0"}], "}"}], "]"}]}], ";"}]}], "Input", CellChangeTimes->{ 3.566161075053082*^9, {3.566170937889534*^9, 3.566170965100277*^9}, 3.566171638206554*^9, {3.56617248678998*^9, 3.566172523357822*^9}, { 3.566172609868486*^9, 3.566172681749069*^9}, {3.5661744817490187`*^9, 3.566174482919025*^9}}], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{"Chronic", " ", "Dosing"}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566173887847229*^9, 3.566173890847055*^9}, { 3.566173971364202*^9, 3.566173973450534*^9}}], Cell[CellGroupData[{ Cell[BoxData[{ RowBox[{ RowBox[{"nprod", "=", RowBox[{"prodi", "*", RowBox[{"dose", "/", "32"}]}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"tmo", "=", RowBox[{"{", "}"}]}], ";"}], "\[IndentingNewLine]"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"ldd", ">", "dtt"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\n", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"For", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",", RowBox[{"jjj", "<", RowBox[{"days", "+", "1"}]}], ",", RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",", RowBox[{"imInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}], ",", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt3"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";", RowBox[{"qrt2", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "dtt"}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "dtt", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}], "+", "nprod"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt22", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt3", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", RowBox[{"24", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXo", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt2", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "dtt", ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXt", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0.02", ",", RowBox[{"ldd", "-", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXh", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt3", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0.02", ",", RowBox[{"24", "-", "ldd"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XX", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"XXo", ",", "XXt", ",", "XXh"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"tBmt", "=", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Position", "[", RowBox[{"XX", ",", RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*", "0.02"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"tmo", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{ RowBox[{"Flatten", "[", "tmo", "]"}], ",", RowBox[{"{", "tBmt", "}"}]}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"For", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "=", "1"}], ",", RowBox[{"jjj", "<", RowBox[{"days", "+", "1"}]}], ",", RowBox[{"jjj", "++"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"jjj", "\[Equal]", "1"}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"imInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}]}], "}"}]}], ";", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"If", "[", RowBox[{ RowBox[{"l", ">", "3"}], ",", "0", ",", RowBox[{"imInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], "]"}], "/.", "qrt3"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";", RowBox[{"qrt2", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"laone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd"}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "ldd", "]"}], "/.", "qrt2"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "36", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt22", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit11", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"mInit22", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", "0", ",", "0", ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", RowBox[{"dtt", "-", "ldd"}], "]"}], "/.", "qrt22"}]}], "}"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"athree", "=", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"G", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "2", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"gto", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "3", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "4", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "5", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "6", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "7", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "8", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPo", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "9", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "10", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McPt", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "11", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "12", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "13", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"B", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "14", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "15", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBRb", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "16", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Cl", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "17", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "18", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McRev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "19", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrev", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "20", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "21", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevg", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "22", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revng", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "23", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevgp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "24", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revngp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "25", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GB", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "26", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GBR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "27", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"cyrevp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "29", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"revnp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "30", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"BC", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "33", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gr", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "34", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GrR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "35", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"ltn", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", "0"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"McNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "37", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"MnNp", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "38", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Gc", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "39", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"GcR", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "40", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"pInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{ RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "41", "]"}], "]"}], "+", "nprod"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"Inh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "42", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"nInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "43", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{ RowBox[{"bInh", "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit22", "[", RowBox[{"[", "44", "]"}], "]"}]}]}], "}"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"afour", "=", RowBox[{"Flatten", "[", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"x", "[", "j", "]"}], "[", "k", "]"}], "[", "l", "]"}], "[", "m", "]"}], "[", "n", "]"}], "[", "0", "]"}], "\[Equal]", RowBox[{"mInit11", "[", RowBox[{"[", RowBox[{ RowBox[{"j", "+", "1"}], ",", RowBox[{"k", "+", "1"}], ",", RowBox[{"l", "+", "1"}], ",", RowBox[{"m", "+", "1"}], ",", RowBox[{"n", "+", "1"}], ",", "1"}], "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"j", ",", "0", ",", "6"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"k", ",", "0", ",", "2"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"l", ",", "0", ",", "5"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"m", ",", "0", ",", "1"}], "}"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"n", ",", "0", ",", "1"}], "}"}]}], "]"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"qrt3", "=", RowBox[{"NDSolve", "[", RowBox[{ RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"daone", ",", "atwo", ",", "athree", ",", "afour"}], "]"}], ",", "afive", ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", RowBox[{"24", "-", "dtt"}]}], "}"}], ",", RowBox[{"MaxSteps", "\[Rule]", "100000"}], ",", RowBox[{"MaxStepSize", "\[Rule]", "0.1"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"(*", RowBox[{ "Measurement", " ", "of", " ", "Phas", " ", "during", " ", "Chronic", " ", "Dosing"}], "*)"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXo", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt2", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0", ",", "ldd", ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXt", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt22", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0.02", ",", RowBox[{ RowBox[{"-", "ldd"}], "+", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XXh", "=", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"MnB", "[", "t", "]"}], "+", RowBox[{"McB", "[", "t", "]"}]}], "/.", RowBox[{"qrt3", "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}]}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"t", ",", "0.02", ",", RowBox[{"24", "-", "dtt"}], ",", "0.02"}], "}"}]}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"XX", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{"XXo", ",", "XXt", ",", "XXh"}], "]"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"tBmt", "=", RowBox[{ RowBox[{"(", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"Position", "[", RowBox[{"XX", ",", RowBox[{"Min", "[", "XX", "]"}]}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "[", RowBox[{"[", "1", "]"}], "]"}], "-", "1"}], ")"}], "*", "0.02"}]}], ";", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"tmo", "=", RowBox[{"Join", "[", RowBox[{ RowBox[{"Flatten", "[", "tmo", "]"}], ",", RowBox[{"{", "tBmt", "}"}]}], "]"}]}], ";"}]}], "]"}], ";"}]}], "\[IndentingNewLine]", "\[IndentingNewLine]", "]"}], ";"}], "\[IndentingNewLine]", RowBox[{ RowBox[{"Print", "[", RowBox[{"{", RowBox[{"tmo", "-", "tBm"}], "}"}], "]"}], ";"}]}], "Input", CellChangeTimes->{{3.558825310075603*^9, 3.558825511440859*^9}, { 3.55882565482724*^9, 3.5588256845047827`*^9}, 3.5588257797176437`*^9, { 3.5623490925300922`*^9, 3.562349384350348*^9}, {3.56235003231621*^9, 3.562350039663786*^9}, {3.562350138999613*^9, 3.562350141883975*^9}, 3.56235017218145*^9, {3.562350250782755*^9, 3.5623502689342737`*^9}, { 3.5623504260867653`*^9, 3.562350433049272*^9}, 3.5623505618839808`*^9, 3.5623506921829863`*^9, {3.5623512895870028`*^9, 3.562351292090147*^9}, 3.5623514391242228`*^9, {3.56235187235192*^9, 3.562351874843458*^9}, { 3.562352290744619*^9, 3.562352300275064*^9}, {3.562352585755266*^9, 3.562352618545154*^9}, {3.5626666394237537`*^9, 3.562666640925899*^9}, { 3.564938225475029*^9, 3.5649382398050003`*^9}, {3.5649409393347797`*^9, 3.564940941977206*^9}, {3.564941105945068*^9, 3.564941137725905*^9}, { 3.564941470840741*^9, 3.5649415599029007`*^9}, {3.564941592159647*^9, 3.564941688779828*^9}, {3.5649417446601343`*^9, 3.564941747280982*^9}, 3.5649417895638247`*^9, {3.564941826547824*^9, 3.564941998579496*^9}, { 3.564942075793037*^9, 3.564942077930691*^9}, {3.564942397940503*^9, 3.564942400099799*^9}, {3.564963241951673*^9, 3.564963244725966*^9}, { 3.564964162480678*^9, 3.56496416582244*^9}, {3.566145004369615*^9, 3.566145056791232*^9}, {3.566152165557129*^9, 3.5661521787363367`*^9}, { 3.5661522412995768`*^9, 3.566152280812973*^9}, {3.56615254765656*^9, 3.56615255111935*^9}, {3.566152614269566*^9, 3.566152638255692*^9}, { 3.566156046780632*^9, 3.566156078295052*^9}, {3.566157263010973*^9, 3.566157286043408*^9}, {3.566157316663488*^9, 3.5661573185648727`*^9}, { 3.5661609820753937`*^9, 3.566160987702614*^9}, 3.566161093102737*^9, 3.566171646307048*^9, {3.566172692700941*^9, 3.566172802372284*^9}, { 3.566173276858266*^9, 3.566173294883959*^9}, {3.566173724963757*^9, 3.566173725387579*^9}, {3.5661739818128033`*^9, 3.5661739826597757`*^9}}], Cell[BoxData[ RowBox[{"{", RowBox[{"{", RowBox[{ "0.`", ",", "1.1600000000000001`", ",", "2.460000000000001`", ",", "3.4400000000000013`", ",", "4.120000000000001`", ",", "4.540000000000001`", ",", "4.780000000000001`", ",", "4.940000000000001`", ",", "5.0600000000000005`", ",", "5.140000000000001`", ",", "5.220000000000001`", ",", "5.26`", ",", "5.32`", ",", "5.360000000000001`", ",", "5.4`", ",", "5.42`", ",", "5.460000000000001`", ",", "5.48`", ",", "5.520000000000001`", ",", "5.540000000000001`", ",", "5.5600000000000005`"}], "}"}], "}"}]], "Print",\ CellChangeTimes->{3.566160913859961*^9, 3.56616127472832*^9, 3.566169611384047*^9, 3.5661700440828123`*^9, 3.566171092782008*^9, 3.5661714609800253`*^9, 3.566171748792951*^9, 3.566172304400169*^9, 3.566173039928204*^9, 3.566173230438703*^9, 3.566173831225403*^9}] }, Open ]], Cell[BoxData[ StyleBox[ RowBox[{ "Plot", " ", "of", " ", "Phase", " ", "Change", " ", "during", " ", "Chronic", " ", "Dosing"}], "Subsubtitle"]], "Input", CellChangeTimes->{{3.566173887847229*^9, 3.566173890847055*^9}, { 3.566173971364202*^9, 3.5661740100347157`*^9}, {3.566174525250708*^9, 3.566174529599658*^9}}], Cell[CellGroupData[{ Cell[BoxData[ RowBox[{"ListPlot", "[", RowBox[{ RowBox[{"-", RowBox[{"Table", "[", RowBox[{ RowBox[{ RowBox[{"tmo", "[", RowBox[{"[", "jj", "]"}], "]"}], "-", "tBm"}], ",", RowBox[{"{", RowBox[{"jj", ",", "1", ",", "days"}], "}"}]}], "]"}]}], ",", RowBox[{"Joined", "\[Rule]", "True"}], ",", RowBox[{"Mesh", "\[Rule]", "All"}], ",", RowBox[{"PlotStyle", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"PointSize", "[", "Large", "]"}], ",", "Red"}], "}"}]}], ",", RowBox[{"AxesStyle", "\[Rule]", RowBox[{"Directive", "[", RowBox[{"Thick", ",", RowBox[{"FontSize", "\[Rule]", "20"}]}], "]"}]}], ",", "\[IndentingNewLine]", RowBox[{"BaseStyle", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"FontFamily", "\[Rule]", "\"\<Helvetica\>\""}], ",", RowBox[{"FontSize", "\[Rule]", "20"}]}], "}"}]}], ",", RowBox[{"AxesOrigin", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{"0", ",", RowBox[{"-", "8"}]}], "}"}]}], ",", RowBox[{"Ticks", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{"0", ",", "7", ",", "14", ",", "21", ",", "28"}], "}"}], ",", RowBox[{ RowBox[{"{", RowBox[{"1", ",", "0", ",", RowBox[{"-", "1"}], ",", RowBox[{"-", "2"}], ",", RowBox[{"-", "3"}], ",", RowBox[{"-", "4"}], ",", RowBox[{"-", "5"}], ",", RowBox[{"-", "6"}], ",", RowBox[{"-", "7"}], ",", RowBox[{"-", "8"}]}], "}"}], "*", "2"}]}], "}"}]}], ",", RowBox[{"AxesLabel", "\[Rule]", RowBox[{"{", RowBox[{"Days", ",", "Phase"}], "}"}]}]}], "]"}]], "Input", CellChangeTimes->{{3.5661737861174507`*^9, 3.5661738668856583`*^9}, { 3.566174061577158*^9, 3.566174088294278*^9}}], Cell[BoxData[ GraphicsBox[GraphicsComplexBox[CompressedData[" 1:eJxTTMoPSmViYGAQBWIQDQEf7BlQgcOEQ181Yvo/7YdwORw2uD+sElnHfADC F3DoeB24Q66VG8oXcagRWQdUIQDlSzhoxfQDTRCC8mUcFFpBGoShfAWHIyDj D8H4Sg52XNcXF9iKQPkqUPthfDWHR1UgC2B8DQewci5RKF/LwQPkPHcYX8eh yBakAsbXc5g1EwRgfAOHdWD/wPiGDjdAxl2H8Y0c3oC89xrGN3YQA2sQg/JN oP6D8U2h7hc7AABXQ1di "], {{{}, {}, {RGBColor[1, 0, 0], PointSize[Large], LineBox[{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21}]}}, { {RGBColor[1, 0, 0], PointSize[Large], PointBox[{1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21}]}, {}, {}}}], AspectRatio->NCache[GoldenRatio^(-1), 0.6180339887498948], Axes->True, AxesLabel->{ FormBox["Days", TraditionalForm], FormBox["Phase", TraditionalForm]}, AxesOrigin->{0, -8}, AxesStyle->Directive[ Thickness[Large], FontSize -> 20], BaseStyle->{FontFamily -> "Helvetica", FontSize -> 20}, ImageSize->{513., Automatic}, PlotRange->{{0., 21.}, {-8, 0.}}, PlotRangeClipping->True, PlotRangePadding->{ Scaled[0.02], Scaled[0.02]}, Ticks->{{{0, FormBox["0", TraditionalForm]}, {7, FormBox["7", TraditionalForm]}, {14, FormBox["14", TraditionalForm]}, {21, FormBox["21", TraditionalForm]}, {28, FormBox["28", TraditionalForm]}}, {{2, FormBox["2", TraditionalForm]}, {0, FormBox["0", TraditionalForm]}, {-2, FormBox[ RowBox[{"-", "2"}], TraditionalForm]}, {-4, FormBox[ RowBox[{"-", "4"}], TraditionalForm]}, {-6, FormBox[ RowBox[{"-", "6"}], TraditionalForm]}, {-8, FormBox[ RowBox[{"-", "8"}], TraditionalForm]}, {-10, FormBox[ RowBox[{"-", "10"}], TraditionalForm]}, {-12, FormBox[ RowBox[{"-", "12"}], TraditionalForm]}, {-14, FormBox[ RowBox[{"-", "14"}], TraditionalForm]}, {-16, FormBox[ RowBox[{"-", "16"}], TraditionalForm]}}}]], "Output", CellChangeTimes->{{3.566173834259454*^9, 3.566173868642701*^9}, { 3.566174069853547*^9, 3.566174088804469*^9}}] }, Open ]] }, WindowSize->{1440, 789}, WindowMargins->{{-3, Automatic}, {-53, Automatic}}, PrintingCopies->1, PrintingPageRange->{1, Automatic}, FrontEndVersion->"8.0 for Mac OS X x86 (32-bit, 64-bit Kernel) (November 6, \ 2010)", StyleDefinitions->"Default.nb" ] (* End of Notebook Content *) (* Internal cache information *) (*CellTagsOutline CellTagsIndex->{} *) (*CellTagsIndex CellTagsIndex->{} *) (*NotebookFileOutline Notebook[{ Cell[557, 20, 915, 21, 150, "Input"], Cell[1475, 43, 872, 17, 52, "Input"], Cell[2350, 62, 492, 13, 29, "Input"], Cell[2845, 77, 259, 5, 39, "Input"], Cell[3107, 84, 37499, 994, 658, "Input"], Cell[40609, 1080, 238, 5, 59, "Input"], Cell[40850, 1087, 6374, 141, 553, "Input"], Cell[47227, 1230, 278, 6, 31, "Input"], Cell[47508, 1238, 3215, 79, 358, "Input"], Cell[50726, 1319, 194, 4, 39, "Input"], Cell[50923, 1325, 498, 10, 31, "Input"], Cell[51424, 1337, 25784, 696, 973, "Input"], Cell[77211, 2035, 355, 8, 31, "Input"], Cell[77569, 2045, 25767, 692, 973, "Input"], Cell[103339, 2739, 1848, 49, 108, "Input"], Cell[105190, 2790, 122182, 3278, 2038, "Input"], Cell[227375, 6070, 168, 2, 27, "Input"], Cell[227546, 6074, 231, 5, 39, "Input"], Cell[227780, 6081, 216, 5, 31, "Input"], Cell[227999, 6088, 1333, 29, 133, "Input"], Cell[229335, 6119, 326, 6, 31, "Input"], Cell[229664, 6127, 44065, 1088, 913, "Input"], Cell[273732, 7217, 203, 4, 31, "Input"], Cell[CellGroupData[{ Cell[273960, 7225, 115292, 2687, 2188, "Input"], Cell[389255, 9914, 881, 16, 20, "Print"] }, Open ]], Cell[390151, 9933, 329, 7, 31, "Input"], Cell[CellGroupData[{ Cell[390505, 9944, 1830, 51, 43, "Input"], Cell[392338, 9997, 2113, 54, 330, "Output"] }, Open ]] } ] *) (* End of internal cache information *)