%Biosystems. 2009 Jul;97(1):35-43.
%Horcholle-Bossavit G, Quenet B.
%Neural model of frog ventilatory rhythmogenesis.

global cumul

germe=1;
facteur=0.15;
nombrerreur=0;
matdep =[ 0  0  -1   
          1  0  -1   
          0  1  0 ];                      
Rdep=[1 0 0 ]; 
matL=[0 -1 0 ; 0 -1 0; 0 0 0];
X=6;
Y=2;
mattoub=boucladj(matdep,Rdep', X, [4,2],1, [2,5], -1);  
Spre=mattoub(:,1:end-1);
Rpre=mattoub(:,end);
Spara=bouclpara(Spre,Rpre, Y); 
R=Spara(:,end);
S=Spara(:,1:end-1);
R=R';
vectv=zeros(size(S,1),1);
vecth=zeros(1, size(S,2));
inhibsl=[];
for y=1:Y
    inhibsl=[inhibsl, [0:X-1]*2+3+(y-1)*((X*2)+1)];
end
inhibsl;
excitateurs=[1,[1:X]*2];
for y=2:Y
    excitateursy=[1+(y-1)*((X*2)+1),[1:X]*2+(y-1)*((X*2)+1)];
    excitateurs=[excitateurs;excitateursy];
end
excitateurs;
taillantiphase=2;
groupebc=[ ];
groupebd=[ ];
for i=1:size(excitateurs,2)
    if mod(floor((i-1)/taillantiphase),2)==0
        groupebc=[groupebc,excitateurs(1,i)];
    else
        groupebd=[groupebd,excitateurs(1,i)];
    end
end
groupebc=groupebc(2:end);

for y=2:Y
    groupebcy=[ ];
    groupebdy=[ ];
    for i=1:size(excitateurs,2)
        if mod(floor((i-1)/taillantiphase),2)==0
            groupebcy=[groupebcy,excitateurs(y,i)];
        else
            groupebdy=[groupebdy,excitateurs(y,i)];
        end
    end
    groupebc=[groupebc,groupebcy(2:end)];
    groupebd=[groupebd,groupebdy];
end
groupebdin=groupebd+1;                  %inhibiteurs de Bd repérés
vectv(groupebd)=0;                      %ceci permet de ne pas synchroniser les neurones de bd par l1
vectv(groupebdin)=0;           
S=completelop(matL,vectv,vecth,S,1);
R=[0 1 0,R];
inhibsl=inhibsl+3;
excitateurs=excitateurs+3;
groupebc=groupebc+3;
groupebd=groupebd+3;
groupebdin=groupebdin+3;
excitateurs=excitateurs(:,2:end);
excitateurs=reshape(excitateurs',1,size(excitateurs,1)*size(excitateurs,2));
v=1:Y;
for i=1:X
    for j=1:Y
        for k=1:Y
            S(excitateurs((k-1)*X+i),inhibsl((j-1)*X+i))=-1;
        end
    end
end
S1=matmodif(S,nombrerreur,facteur,germe);
S=S1;
B=nnz(S1);
groupex=find(sum(S1)>=0);
groupin=find(sum(S1)<0); 
Ne=length(groupex);
Ni=length(groupin);
retards=ones(Ne+Ni);
th=[0.5*ones(Ne,1); 	0.5*ones(Ni,1)];
Ne=length(groupex);     Ni=length(groupin);
retards=ones(Ne+Ni);
th=[0.5*ones(Ne,1); 	0.5*ones(Ni,1)];

modul=1;                              
vseuiL=[1;zeros(Ne+Ni-1,1)];    %vecteur qui permet de mettre un seuil variable sur L1
Init=zeros(Ne+Ni,1);
type=(sign(sum(S)))';
groupe=[2;zeros(Ne+Ni-1,1)];
groupe(groupebc)=1;
groupe(groupebd)=-1;
nirings=[zeros(sum(Init),1),find(Init==1),type((Init==1)),groupe((Init==1))];
hstock=zeros(Ne+Ni,Tsim);
hstock(:,1)=Init;
matact=zeros(Ne+Ni,Tsim);
matact(:,1)=Init;
Eml1=0;
retL=1;                     
Tomax=max(max(retards));
cumul=0;
Ac=0;
rand('seed', sd);
randn('seed', sd);
for t=1:Tsim
    feu=[];
    matfiltre=zeros(Ne+Ni);
    h=R';
    if ~isempty(nirings)
       for ret=1:max(max(retards))
           fincre=zeros(Ne+Ni);                           
           inter=find(nirings(:,1)==t-ret);               
           feu=[feu; ret+0*inter,inter];                  
           finter=[[nirings(inter,2)]', Ne+Ni+1];          
           fincre(1:Ne+Ni,finter)=1;                       
           fincre=fincre(:,1:Ne+Ni);                       
           matinter=(retards==ret);                        
           matfiltre=matfiltre+((matinter==fincre)&(matinter>0));   
       end
       tfire=nirings(feu(:,2),1);                          
       firedt=nirings(feu(:,2),2);                         
       st=sort(firedt); 
       
                                          
       if ~isempty(st)                                    
           dst=diff(st);                                   
           y=st(dst>0);
           firedtone=[y;st(end)];                          
           Sfiltre=S.*matfiltre;                           
           h=h+sum(Sfiltre(:,firedtone),2);  
       end
        
       inter1=find(nirings(:,1)==t-retL);   
       finter1=[nirings(inter1,2)];
       finter2=[nirings(inter1,1)];
       lfire=(sum(finter1==1)>0);   
       modulation(lfire);
  
    end
    randh=randn(Ne+Ni,1);
    hent=h+Eml1(end)*(modul==1)*vseuiL+epsilon*randh-th;                                                            
    hstock(:,t+1)=hent;
    n=(hent>0);                                                
    fired=find(n>0);
    matact(:,t+1)=n;                                      
    if ~isempty(fired);
        nirings=[nirings; t+0*fired,fired,type(fired),groupe(fired)];                 
    end
end

groupebc=groupebc(2:end);
matactbc=matact(groupebc,:);
matactbd=matact(groupebd,:);
matactl=matact(1,:);

actotbc=sum(matact(groupebc,:));

actotbd=sum(matact(groupebd,:));
actot=sum(matact(groupex,:))+matact(1,:);